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万見
- PDB-3jci: 2.9 Angstrom Resolution Cryo-EM 3-D Reconstruction of Close-packe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jci
タイトル2.9 Angstrom Resolution Cryo-EM 3-D Reconstruction of Close-packed PCV2 Virus-like Particles
要素Capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / de novo initial model / consensus criterion / gold-standard FSC / true FSC / cross-validation
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral penetration into host nucleus / host cell nucleus / virion attachment to host cell / nucleus
類似検索 - 分子機能
Circovirus capsid protein / Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine circovirus-2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, Z. / Guo, F. / Wang, F. / Li, T.C. / Jiang, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: 2.9 Å Resolution Cryo-EM 3D Reconstruction of Close-Packed Virus Particles.
著者: Zheng Liu / Fei Guo / Feng Wang / Tian-Cheng Li / Wen Jiang /
要旨: Single-particle cryoelectron microscopy typically discards close-packed particle images as unusable data. Here, we report an image processing strategy and case study of obtaining near-atomic ...Single-particle cryoelectron microscopy typically discards close-packed particle images as unusable data. Here, we report an image processing strategy and case study of obtaining near-atomic resolution 3D reconstructions from close-packed particles. Multiple independent de novo initial models were constructed to determine and cross-validate the particle parameters. The particles with consistent views were further refined including not only Euler angles and center positions but also defocus, astigmatism, beam tilt, and overall and anisotropic magnification. We demonstrated this strategy with a 2.9 Å resolution reconstruction of a 1.67 MDa virus-like particle of a circovirus, PCV2, recorded on 86 photographic films. The map resolution was further validated with a phase-randomization test and local resolution assessment, and the atomic model was validated with MolProbity and EMRinger. Close-packed virus particles were thus shown not only to be useful for high-resolution 3D reconstructions but also to allow data collection at significantly improved throughput for near-atomic resolution reconstructions.
履歴
登録2015年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6555
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6555
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0001
ポリマ－22,0001
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,319,98560
ポリマ－1,319,98560
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 110 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9995
ポリマ－109,9995
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 132 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9996
ポリマ－131,9996
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 21999.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-231 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Porcine circovirus-2 (ウイルス) / 参照: UniProt: B8Y5Y9, UniProt: Q8B980*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Porcine circovirus PCV2 virus-like particlesVIRUS0
2Porcine circovirus 2 (PCV2)VIRUS1
分子量値: 1.67 MDa / 実験値: NO
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Sus scrofa
緩衝液名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400-mesh holey carbon grids (1.2/1.3 C-flat, Protochips)
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / Temp: 85 K / 湿度: 90 %
詳細: Blot for 5 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年2月22日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 587963 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Cs: 2.7 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 magnification using quadrupole stigmator.
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 90 K / 最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 141

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2３次元再構成
2jspr３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: Projection matching / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50352 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.1 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.08 Å
詳細: For 3D reconstruction, whole datasets were divided into even and odd halves and the initial de novo models and subsequent iterative refinements were all independently performed for each half ...詳細: For 3D reconstruction, whole datasets were divided into even and odd halves and the initial de novo models and subsequent iterative refinements were all independently performed for each half dataset. Particles were selected from scanned micrograph images using e2boxer.py in EMAN2. The TEM instrument contrast transfer function parameters were determined automatically using fitctf2.py in JSPR and were then visually validated using the EMAN ctfit program. The datasets were then divided into two subsets (even and odd) and processed completely independently, including both de novo initial models and refinements. The images were first binned 4x to obtain initial models and particle parameters assuming icosahedral symmetry. De novo initial models were built using the random model approach. Random subsets of particles were assigned random initial orientations and iteratively refined until convergence. Multi-model competitive refinements were used to choose the winning model (with most assigned particles) as corrective initial models for subsequent refinement. Particles with inconsistent/unstable view parameters in the initial refinements were excluded in further image processing. The orientation and center parameters were then transferred to the un-binned images for high-resolution refinements which included Simplex method-based orientation/center optimization and grid search-based refinement of defocus, astigmatism, beam tilt, and overall and anisotropic magnification of the images. All image refinement and reconstructions were performed with JSPR software that was built on EMAN2 and EMAN library functions and programs. (Single particle details: The particles were selected using the e2boxer.py program in EMAN2. CTF parameters were determined using fitctf2.py in JSPR.) (Single particle--Applied symmetry: I)
対称性のタイプ: POINT
原子変位パラメータBiso max: 77.94 Å2 / Biso mean: 23.672 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1557 0 0 0 1557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011604
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8172187
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.054233
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006285
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.1511291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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