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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jby | ||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (C2 symmetry) | ||||||
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![]() | RECOMBINATION/DNA / RAG1 / RAG2 / V(D)J recombination / Paired complex / Antigen receptor gene recombination / T and B cell development / RECOMBINATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / lymphocyte differentiation / immunoglobulin V(D)J recombination / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding ...somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / lymphocyte differentiation / immunoglobulin V(D)J recombination / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / T cell differentiation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / methylated histone binding / phosphatidylinositol binding / B cell differentiation / thymus development / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / T cell differentiation in thymus / endonuclease activity / DNA recombination / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromatin binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Ru, H. / Chambers, M.G. / Fu, T.-M. / Tong, A.B. / Liao, M. / Wu, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Mechanism of V(D)J Recombination from Synaptic RAG1-RAG2 Complex Structures. 著者: Heng Ru / Melissa G Chambers / Tian-Min Fu / Alexander B Tong / Maofu Liao / Hao Wu / ![]() 要旨: Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) ...Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) recognizes recombination signal sequences (RSSs) containing a heptamer, a spacer of 12 or 23 base pairs, and a nonamer (12-RSS or 23-RSS) and introduces precise breaks at RSS-coding segment junctions. RAG forms synaptic complexes only with one 12-RSS and one 23-RSS, a dogma known as the 12/23 rule that governs the recombination fidelity. We report cryo-electron microscopy structures of synaptic RAG complexes at up to 3.4 Å resolution, which reveal a closed conformation with base flipping and base-specific recognition of RSSs. Distortion at RSS-coding segment junctions and base flipping in coding segments uncover the two-metal-ion catalytic mechanism. Induced asymmetry involving tilting of the nonamer-binding domain dimer of RAG1 upon binding of HMGB1-bent 12-RSS or 23-RSS underlies the molecular mechanism for the 12/23 rule. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 811.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 636.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-V(D)J recombination-activating protein ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 87684.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AB / Cell: B and T lymphocyte / 遺伝子: rag1 / Organelle: nucleus / プラスミド: pFastBac1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O13033, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: タンパク質 | 分子量: 59435.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AB / Cell: B and T lymphocyte / 遺伝子: rag2, rag-2 / Organelle: nucleus / プラスミド: pFastBac1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q1RLW7, UniProt: O13034*PLUS |
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-DNA鎖 , 3種, 6分子 EHFGIJ
#3: DNA鎖 | 分子量: 4562.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Signal end forward strand / 由来: (合成) ![]() #4: DNA鎖 | 分子量: 9577.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #5: DNA鎖 | 分子量: 4880.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Coding end forward strand / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | 名称: Polymix buffer / pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 10 mM CaCl2, 1 mM TCEP | ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 400 mesh Quantifoil holey carbon grid, glow discharged | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K / 湿度: 85 % 詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3). 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2015年3月10日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 31000 X / 倍率(補正後): 40607 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2 mm 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification. |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 100 K / 最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 電子線照射量: 41 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 550 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Projection matching / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42486 / ピクセルサイズ(公称値): 1.23 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.23 Å 詳細: (Single particle details: Image processing was carried out using SAMUEL and Relion.) (Single particle--Applied symmetry: C2) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.7→236.16 Å / SU ML: 1.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 57.35 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 387.4 Å2 / Biso mean: 37.5735 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.7→236.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 118.0811 Å / Origin y: 118.0822 Å / Origin z: 113.832 Å
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精密化 TLSグループ |
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