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- PDB-3zv6: CRYSTAL STRUCTURE OF CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zv6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE (BPHB) FROM PANDORAEA PNOMENUSA STRAIN B-356 COMPLEX WITH CO-ENZYME NAD AND PRODUCT ANALOG 4,4'-DIHYDROXYBIPHENYL
要素CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/OXIDOREDUCTASE / SDR
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase / cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase activity / carbonyl reductase (NADPH) activity / :
類似検索 - 分子機能
: / Cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4,4'-DIHYDROXYBIPHENYL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種COMAMONAS TESTOSTERONI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Dhindwal, S. / Patil, D.N. / Kumar, P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Biochemical Studies and Ligand-Bound Structures of Biphenyl Dehydrogenase from Pandoraea Pnomenusa Strain B-356 Reveal a Basis for Broad Specificity of the Enzyme.
著者: Dhindwal, S. / Patil, D.N. / Mohammadi, M. / Sylvestre, M. / Tomar, S. / Kumar, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of Cis-Biphenyl-2,3-Dihydrodiol-2,3-Dehydrogenase from Pandoraea Pnomenusa B-356.
著者: Patil, D.N. / Tomar, S. / Sylvestre, M. / Kumar, P.
履歴
登録2011年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE
B: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2765
ポリマ－58,7632
非ポリマー1,5133
水3,279182
1
A: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE
B: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE
B: CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,55210
ポリマ－117,5264
非ポリマー3,0266
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area22900 Å2
ΔGint-176.8 kcal/mol
Surface area30700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.217, 76.217, 180.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE / 2 / 3-DIHYDRO-2 / 3-DIHYDROXYBIPHENYL DEHYDROGENASE / 2 / 3-DIHYDROXY-4-PHENYLHEXA-4 / 6-DIENE ...2 / 3-DIHYDRO-2 / 3-DIHYDROXYBIPHENYL DEHYDROGENASE / 2 / 3-DIHYDROXY-4-PHENYLHEXA-4 / 6-DIENE DEHYDROGENASE / B2\ / 3D / BIPHENYL-2 / 3-DIHYDRO-2 / 3-DIOL DEHYDROGENASE / BIPHENYL-CIS-DIOL DEHYDROGENASE


分子量: 29381.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) COMAMONAS TESTOSTERONI (バクテリア)
株: B-356 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46381, cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-4HB / 4,4'-DIHYDROXYBIPHENYL / 4,4′-ビフェノ-ル


分子量: 186.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: SODIUM MALONATE, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→100 Å / Num. obs: 30090 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 38.421 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.34
反射 シェル解像度: 2.15→70.19 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BDB

1bdb


解像度: 2.14→70.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 11.885 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22654 1509 5.1 %RANDOM
Rwork0.18638 ---
obs0.18845 28211 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→70.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3976 0 102 182 4260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5112.0095672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0523.0036659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2615542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0123.185157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.23815632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3611530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.23135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.22044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.22149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7131.53399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1531.51127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90424240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63931753
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.354.51431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.143→2.198 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 110 -
Rwork0.245 1971 -
obs--95.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11630.2213-0.49211.1865-0.38051.9252-0.00650.12910.133-0.13870.0057-0.153-0.20390.2840.0008-0.1032-0.09620.0299-0.10310.0265-0.095615.41514.5134.3361
24.83734.13592.32774.07262.54321.69020.1406-0.0426-1.0020.25720.1037-1.18350.17980.7689-0.24430.05340.01040.08250.24530.04650.296824.4337-1.51336.2585
32.7646-0.6004-0.44393.8246-0.1271.6009-0.09030.2936-0.2885-0.23880.0367-0.09370.14950.17540.0536-0.1615-0.05130.0298-0.1055-0.0311-0.09986.8707-5.599230.8263
41.13940.0316-0.37781.3837-0.05492.915-0.06660.2779-0.1267-0.34970.04270.10990.3007-0.29830.0239-0.0661-0.0809-0.0328-0.0976-0.0208-0.1179-10.0044-10.386326.2897
50.05170.8945-0.192615.478-3.3330.71770.21061.028-0.3097-0.83250.23211.13430.8009-0.6648-0.44280.1536-0.0631-0.18570.4810.08160.4294-22.17432.706732.2621
62.3194-1.6229-0.32252.47050.53133.2445-0.00080.14670.2697-0.19480.1048-0.1289-0.382-0.1795-0.104-0.1228-0.03690.0145-0.16260.0504-0.1107-3.90759.967931.5357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2A186 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3A227 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5B186 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6B214 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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