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万見
- PDB-3zon: Human TYK2 pseudokinase domain bound to a kinase inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zon
タイトルHuman TYK2 pseudokinase domain bound to a kinase inhibitor
要素NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2
キーワードTRANSFERASE / JAK
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-12 signaling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of natural killer cell proliferation / growth hormone receptor binding / extrinsic component of plasma membrane / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / MAPK3 (ERK1) activation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of T cell proliferation / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / immune response / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-PHENYL-2-UREIDOTHIOPHENE-3-CARBOXAMIDE / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Wang, J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Chalk, R. / Daga, N. / Salah, E. / Berridge, G. / Picaud, S. / von Delft, F. ...Elkins, J.M. / Wang, J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Chalk, R. / Daga, N. / Salah, E. / Berridge, G. / Picaud, S. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Tyk2 Pseudokinase Domain Bound to a Kinase Inhibitor
著者: Elkins, J.M. / Wang, J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Chalk, R. / Daga, N. / Salah, E. / Berridge, G. / Picaud, S. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6682
ポリマ－37,4071
非ポリマー2611
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.810, 83.720, 91.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2


分子量: 37406.512 Da / 分子数: 1 / 断片: PSEUDOKINASE DOMAIN, RESIDUES 541-873 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-IK1 / 5-PHENYL-2-UREIDOTHIOPHENE-3-CARBOXAMIDE


分子量: 261.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11N3O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES PH 6.5, 12%(W/V) PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→83.72 Å / Num. obs: 19417 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FVQ

4fvq


解像度: 2.15→61.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 5.782 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26787 972 5.1 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.21708 18013 92.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→61.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2044 0 18 123 2185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9732862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7813.0034603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1735257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32623.11893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03515348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.581517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4962.4251040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4892.4211039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5063.6121293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5132.5911068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 76 -
Rwork0.288 1240 -
obs--88.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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