+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vq5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HIV-1 IN core domain in complex with N-METHYL-1-(4-METHYL-2-PHENYL-1,3-THIAZOL-5-YL)METHANAMINE | ||||||
要素 | POL polyprotein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / RNaseH / DNA binding / DNA cleavage / DNA integration / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell ...exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wielens, J. / Chalmers, D.K. / Parker, M.W. / Scanlon, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Biomol Screen / 年: 2013 タイトル: Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification? 著者: Wielens, J. / Headey, S.J. / Rhodes, D.I. / Mulder, R.J. / Dolezal, O. / Deadman, J.J. / Newman, J. / Chalmers, D.K. / Parker, M.W. / Peat, T.S. / Scanlon, M.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vq5.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3vq5.ent.gz | 51.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vq5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/3vq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/3vq5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 3vq4C 3vq6C 3vq7C 3vq8C 3vq9C 3vqaC 3vqbC 3vqcC 3vqdC 3vqeC 3vqpC 3vqqC 4ah9C 4ahrC 4ahsC 4ahtC 4ahuC 4ahvC 3l3uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17101.393 Da / 分子数: 2 / 断片: integrase core domain, UNP residues 771-927 / 変異: C56S, W131D, F139D, F185H, S123G, T124A, K127R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NL43 / 遺伝子: pol / プラスミド: PeT23b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72498 |
---|
-非ポリマー , 5種, 120分子
#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.6M AmSO4, 0.1M Na Citrate pH 4.6, 50mM CdCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979461 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979461 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 30488 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 5.06 / Num. unique all: 2553 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3l3u 解像度: 1.7→42.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.336 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.55 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
|