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- PDB-3vdd: Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vdd
タイトルStructure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798
要素
  • Protein VP1
  • Protein VP2
  • Protein VP3
  • Protein VP4
キーワードVIRUS / viral capsid / virus-drug complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BT8 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 2 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Morton, C.J. / Feil, S.C. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2012
タイトル: An Orally Available 3-Ethoxybenzisoxazole Capsid Binder with Clinical Activity against Human Rhinovirus.
著者: Feil, S.C. / Hamilton, S. / Krippner, G.Y. / Lin, B. / Luttick, A. / McConnell, D.B. / Nearn, R. / Parker, M.W. / Ryan, J. / Stanislawski, P.C. / Tucker, S.P. / Watson, K.G. / Morton, C.J.
履歴
登録2012年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein VP1
B: Protein VP2
C: Protein VP3
D: Protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2625
ポリマ－94,8804
非ポリマー3821
水21612
1
A: Protein VP1
B: Protein VP2
C: Protein VP3
D: Protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,715,726300
ポリマ－5,692,779240
非ポリマー22,94760
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Protein VP1
B: Protein VP2
C: Protein VP3
D: Protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 476 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,31125
ポリマ－474,39820
非ポリマー1,9125
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Protein VP1
B: Protein VP2
C: Protein VP3
D: Protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 572 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,57330
ポリマ－569,27824
非ポリマー2,2956
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Protein VP1
B: Protein VP2
C: Protein VP3
D: Protein VP4
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.86 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,857,863150
ポリマ－2,846,389120
非ポリマー11,47430
水1,62190
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)310.490, 345.680, 378.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.31029999, -0.81770003, -0.4849), (0.80110002, 0.49959999, -0.32980001), (0.51190001, -0.2861, 0.81)-162.821, -106.4606, -61.2899
3generate(-0.80699998, -0.52609998, -0.26840001), (0.47530001, -0.30860001, -0.82389998), (0.3506, -0.7924, 0.4991)-96.6498, -269.72601, -163.7545
4generate(-0.80930001, 0.472, 0.3495), (-0.5219, -0.30509999, -0.79659998), (-0.2694, -0.82709998, 0.49329999)107.0634, -263.54031, -167.4771
5generate(0.30919999, 0.79790002, 0.51749998), (-0.81629997, 0.50190002, -0.28600001), (-0.48800001, -0.3339, 0.80650002)167.0174, -97.003, -65.4118
6generate(0.79070002, 0.52530003, -0.31439999), (0.52249998, -0.31150001, 0.79369998), (0.31900001, -0.79189998, -0.52079999)140.8598, -135.74339, -167.23599
7generate(0.49990001, -0.292, -0.8154), (0.3265, -0.80849999, 0.48969999), (-0.80220002, -0.51099998, -0.30880001)-24.5268, -236.0479, -103.0643
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15generate(0.3116, 0.81980002, -0.4804), (0.79970002, -0.4993, -0.33340001), (-0.51319999, -0.28029999, -0.81120002)134.98511, -365.2569, -177.3757
16generate(0.3141, -0.79909998, 0.5126), (-0.81620002, -0.50309998, -0.28400001), (0.48480001, -0.3292, -0.81029999)-127.0661, -356.3114, -181.4416
17generate(-0.27700001, -0.80140001, 0.53009999), (-0.8003, 0.49770001, 0.3344), (-0.53179997, -0.33160001, -0.77920002)-124.0179, -152.2401, -175.8726
18generate(-0.45159999, -0.32609999, 0.83050001), (0.32319999, 0.80779999, 0.49290001), (-0.83160001, 0.491, -0.25940001)-25.9311, -95.5085, -6.0945
19generate(0.0305, -0.0317, 0.99900001), (0.99949998, 0.001, -0.0304), (-0.0001, 0.99949998, 0.0317)31.3724, -264.3783, 92.8825
20generate(0.4984, -0.32319999, 0.80449998), (0.29440001, -0.80970001, -0.50760001), (0.8154, 0.48980001, -0.30840001)-30.9122, -425.4306, -15.9131
21generate(-0.99809998, -0.0019, 0.0615), (0.0019, -1, -0.0012), (0.0615, -0.001, 0.99809998)11.509, -519.7276, -0.5086
22generate(-0.27869999, 0.7974, 0.53530002), (-0.79970002, -0.50129998, 0.3303), (0.53179997, -0.336, 0.77740002)170.3912, -413.36569, -71.5468
23generate(0.82810003, 0.47440001, 0.29859999), (-0.47400001, 0.30829999, 0.82480001), (0.2992, -0.82459998, 0.48019999)97.7299, -249.77271, -169.987
24generate(0.7906, -0.52340001, -0.3177), (0.5226, 0.3064, 0.7956), (-0.31909999, -0.79509997, 0.5158)-105.6284, -255.901, -160.43761
25generate(-0.33840001, -0.81779999, -0.46560001), (0.81669998, -0.50099999, 0.28639999), (-0.46740001, -0.28330001, 0.83740002)-158.9673, -422.4238, -55.14
26generate(-0.54799998, -0.2906, -0.78439999), (0.29409999, 0.81089997, -0.50590003), (0.78310001, -0.5079, -0.35890001)-18.1745, -284.29721, -112.0307
27generate(-0.80699998, 0.52530003, -0.26989999), (0.47620001, 0.30860001, -0.82340002), (-0.3493, -0.79299998, -0.49919999)149.9518, -387.98779, -163.448
28generate(0.0285, 0.99959999, 0.0012), (-0.0312, 0.0021, -0.99949998), (-0.99910003, 0.0284, 0.0312)241.8501, -447.61469, 8.1447
29generate(0.80860001, 0.47530001, -0.3468), (-0.52319998, 0.31099999, -0.79339999), (-0.2692, 0.82300001, 0.50019997)130.29491, -381.65289, 166.0231
30generate(0.44960001, -0.32269999, -0.83289999), (-0.3256, 0.80909997, -0.4892), (0.83179998, 0.4912, 0.25870001)-30.5925, -281.11859, 91.6155

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Protein VP1 / capsid VP1 / P1D / Virion protein 1


分子量: 32274.100 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 568-850 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Tissue culture / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936
#2: タンパク質 Protein VP2 / capsid VP2 / P1B / Virion protein 2


分子量: 29009.588 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-330 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Tissue culture / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936
#3: タンパク質 Protein VP3 / capsid VP3 / P1C / Virion protein 3


分子量: 26107.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 331-567 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Tissue culture / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936
#4: タンパク質 Protein VP4 / capsid VP4 / P1A / Virion protein 4


分子量: 7488.167 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-69 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Tissue culture / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936

-
非ポリマー , 2種, 13分子

#5: 化合物 ChemComp-BT8 / 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole / BTA798


分子量: 382.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N4O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.52 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 660217 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 55.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å24.94 Å
Translation4 Å24.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FPN

1fpn


解像度: 3.2→24.942 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 33012 5 %
Rwork0.2295 --
obs0.2317 660217 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.63 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 407.3 Å2 / Biso mean: 50.6585 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5375 Å20 Å2-0 Å2
2--11.8152 Å2-0 Å2
3----17.1167 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6340 0 28 12 6380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021196200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.97267810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.13429880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00934410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.59170740
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.23630.39310960.3442083221928100
3.2363-3.27430.378610940.33832077421868100
3.2743-3.31410.372810920.31952076321855100
3.3141-3.3560.365110950.31082079821893100
3.356-3.40.375510960.30912083121927100
3.4-3.44650.350810960.29762082021916100
3.4465-3.49560.34710970.29772084321940100
3.4956-3.54760.336110940.28352077621870100
3.5476-3.60290.33710980.28412087021968100
3.6029-3.66180.333110940.27592078421878100
3.6618-3.72470.311210950.27252079921894100
3.7247-3.79220.311111000.26372090222002100
3.7922-3.86490.319710960.25842082221918100
3.8649-3.94350.311110990.25892088821987100
3.9435-4.02890.2910970.23962083921936100
4.0289-4.12220.283410970.2382085021947100
4.1222-4.22480.267710990.22672086521964100
4.2248-4.33850.259911000.21242091622016100
4.3385-4.46550.253110990.20612088121980100
4.4655-4.60870.230811020.19712093422036100
4.6087-4.77230.234611000.19172088721987100
4.7723-4.9620.231411030.18822096522068100
4.962-5.18590.230311030.18742095922062100
5.1859-5.45660.226711050.18592098722092100
5.4566-5.79450.229111040.1932098422088100
5.7945-6.23540.225711080.18992105622164100
6.2354-6.85110.216511100.18382108422194100
6.8511-7.81560.20711140.17192116622280100
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9.7481-24.94280.227511090.2082210502215997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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