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- PDB-3v7t: Crystal Structure of Human Beta-Tryptase Complexed with a Synthet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v7t
タイトルCrystal Structure of Human Beta-Tryptase Complexed with a Synthetic Inhibitor with a Tropanylamide Scaffold
要素TPSB2 protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / tryptase / serine protease / tetramer / protein-ligand complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / serine-type peptidase activity / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0GX / CARBONATE ION / Tryptase beta-2 / TPSB2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Zhang, Y. / Colonna, C. / Michot, N.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: A beta-tryptase inhibitor with a tropanylamide scaffold to improve in vitro stability and to lower hERG channel binding affinity
著者: Liang, G. / Choi-Sledeski, Y.M. / Shum, P. / Chen, X. / Poli, G.B. / Kumar, V. / Minnich, A. / Wang, Q. / Tsay, J. / Sides, K. / Kang, J. / Zhang, Y.
履歴
登録2011年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TPSB2 protein
B: TPSB2 protein
C: TPSB2 protein
D: TPSB2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,06810
ポリマ－109,9664
非ポリマー2,1026
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area37850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.719, 81.719, 170.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
TPSB2 protein


分子量: 27491.426 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 38-282 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSB2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6NZY1, UniProt: P20231*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-0GX / {(3-exo)-3-[5-(aminomethyl)-2-fluorophenyl]-8-azabicyclo[3.2.1]oct-8-yl}(4-bromo-3-methyl-5-propoxythiophen-2-yl)methanone


分子量: 495.448 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28BrFN2O2S
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: NaAC 0.1M, NaCl 2M, glycerol 10%, PEG3350 20%, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 66068 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.09-2.165.70.59765831.0111100
2.16-2.255.70.47265941.0761100
2.25-2.355.80.35565721.0441100
2.35-2.485.80.26666211.0431100
2.48-2.635.80.20766281.0141100
2.63-2.845.80.14865411.0311100
2.84-3.125.80.11266181.0111100
3.12-3.575.70.08866121.0171100
3.57-4.55.70.06566121.0221100
4.5-505.70.04466871.021199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.9.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→40.54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 3345 5.07 %RANDOM
Rwork0.2083 ---
obs0.2096 65965 99.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 101.73 Å2 / Biso mean: 33.0315 Å2 / Biso min: 12.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2783 Å20 Å20 Å2
2--1.2783 Å20 Å2
3----2.5566 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.293 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7644 0 128 588 8360
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2532SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1166HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7930HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion972SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9363SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8062HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11074HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 276 5.64 %
Rwork0.2542 4618 -
all0.2551 4894 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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