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- PDB-3v49: Structure of ar lbd with activator peptide and sarm inhibitor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v49
タイトルStructure of ar lbd with activator peptide and sarm inhibitor 1
要素
  • Androgen receptor
  • Androgen receptor, activator peptide
キーワードTRANSCRIPTION / DIARYLHYDANTOIN / SYNTHESIS / SARM / ANTIANDROGEN / LIGAND BINDING DOMAIN / testosterone / Dihydrotestosterone / SARM (Selective Androgen Receptor Modulator)
機能・相同性
機能・相同性情報


male somatic sex determination / : / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / intracellular receptor signaling pathway / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis ...male somatic sex determination / : / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / intracellular receptor signaling pathway / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation / androgen binding / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / membraneless organelle assembly / prostate gland epithelium morphogenesis / cellular response to testosterone stimulus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / cellular response to steroid hormone stimulus / morphogenesis of an epithelial fold / seminiferous tubule development / androgen receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / single fertilization / mammary gland alveolus development / regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / estrogen receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / SUMOylation of intracellular receptors / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / multicellular organism growth / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / male gonad development / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / MAPK cascade / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ATPase binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PK0 / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nique, F. / Hebbe, S. / Peixoto, C. / Annoot, D. / Lefrancois, J.-M. / Duval, E. / Michoux, L. / Triballeau, N. / Lemoullec, J.-M. / Mollat, P. ...Nique, F. / Hebbe, S. / Peixoto, C. / Annoot, D. / Lefrancois, J.-M. / Duval, E. / Michoux, L. / Triballeau, N. / Lemoullec, J.-M. / Mollat, P. / Thauvin, M. / Prange, T. / Minet, D. / Clement-Lacroix, P. / Robin-Jagerschmidt, C. / Fleury, D. / Guedin, D. / Deprez, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of diarylhydantoins as new selective androgen receptor modulators.
著者: Nique, F. / Hebbe, S. / Peixoto, C. / Annoot, D. / Lefrancois, J.-M. / Duval, E. / Michoux, L. / Triballeau, N. / Lemoullec, J.M. / Mollat, P. / Thauvin, M. / Prange, T. / Minet, D. / Clement- ...著者: Nique, F. / Hebbe, S. / Peixoto, C. / Annoot, D. / Lefrancois, J.-M. / Duval, E. / Michoux, L. / Triballeau, N. / Lemoullec, J.M. / Mollat, P. / Thauvin, M. / Prange, T. / Minet, D. / Clement-Lacroix, P. / Robin-Jagerschmidt, C. / Fleury, D. / Guedin, D. / Deprez, P.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32016年8月31日Group: Other
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
B: Androgen receptor, activator peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7494
ポリマ－32,2642
非ポリマー4852
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.629, 67.331, 69.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 4


分子量: 30996.188 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 654-919 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AR, DHTR, NR3C4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10275
#2: タンパク質・ペプチド Androgen receptor, activator peptide / Dihydrotestosterone receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 4


分子量: 1267.413 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 21-31 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10275
#3: 化合物 ChemComp-PK0 / 4-[(4R)-4-(4-hydroxyphenyl)-3,4-dimethyl-2,5-dioxoimidazolidin-1-yl]-2-(trifluoromethyl)benzonitrile


分子量: 389.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14F3N3O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.18 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: Hanging drop set up as a 50:50 mixture of 1 microL protein+1 microL reservoir with: A) protein solution = 80 microL hAR LBD (3.5 mg/ml) + 1.5 microL activator undecapeptide (GAFQNLFQSVR)+1 ...詳細: Hanging drop set up as a 50:50 mixture of 1 microL protein+1 microL reservoir with: A) protein solution = 80 microL hAR LBD (3.5 mg/ml) + 1.5 microL activator undecapeptide (GAFQNLFQSVR)+1 microL LiSO4 (0.2 M) in HEPES buffer 0.1 M + 0.5 mg inhibitor 1 (PK0) B) Reservoir = 1 ml HEPES buffer 0.1 M + PEG 4000 12-20 %, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM30A10.934
2
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2007年12月12日
22008年1月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.9 Å / Num. obs: 28211 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2AMA

2ama


解像度: 1.7→34 Å / Num. parameters: 9595 / Num. restraintsaints: 8954 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
Rfactor反射数%反射
all0.193 28377 -
obs0.185 -97.9 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2362
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 33 238 2355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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