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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tye | ||||||
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タイトル | Dihydropteroate Synthase in complex with DHP-STZ | ||||||
![]() | Dihydropteroate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / anthracis / folate biosynthesis / dihydropteroate / pterine / tim barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yun, M.-K. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalysis and sulfa drug resistance in dihydropteroate synthase. 著者: Yun, M.K. / Wu, Y. / Li, Z. / Zhao, Y. / Waddell, M.B. / Ferreira, A.M. / Lee, R.E. / Bashford, D. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 183.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 断片: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 96分子 ![](data/chem/img/XTZ.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/XHP.gif)
![](data/chem/img/YTZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/XHP.gif)
![](data/chem/img/YTZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-XTZ / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-XHP / | #5: 化合物 | ChemComp-YTZ / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: LITHIUM SULFATE, Bis-Tris propane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 32382 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2520 / Rsym value: 0.219 / % possible all: 76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TWS 解像度: 2.3→45.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 33.846 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 166.69 Å2 / Biso mean: 78.2592 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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