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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tam | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (K103N mutant) in complex with inhibitor M06 | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/transferase Inhibitor / HIV-1 reverse transcriptase / non-nucleoside inhibition / nucleotidyltranferase / K103N / HIV-1 / Transferase-transferase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011 タイトル: Design and synthesis of pyridone inhibitors of non-nucleoside reverse transcriptase. 著者: Gomez, R. / Jolly, S. / Williams, T. / Tucker, T. / Tynebor, R. / Vacca, J. / McGaughey, G. / Lai, M.T. / Felock, P. / Munshi, V. / DeStefano, D. / Touch, S. / Miller, M. / Yan, Y. / Sanchez, ...著者: Gomez, R. / Jolly, S. / Williams, T. / Tucker, T. / Tynebor, R. / Vacca, J. / McGaughey, G. / Lai, M.T. / Felock, P. / Munshi, V. / DeStefano, D. / Touch, S. / Miller, M. / Yan, Y. / Sanchez, R. / Liang, Y. / Paton, B. / Wan, B.L. / Anthony, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tam.cif.gz | 214.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tam.ent.gz | 169.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tam_validation.pdf.gz | 771.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3tam_full_validation.pdf.gz | 788.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3tam_validation.xml.gz | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tam_validation.cif.gz | 55.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3tam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3tam | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3lp1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64880.238 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 590-1147 / 変異: K103N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: p66 RT 由来: (組換発現) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, HIV-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51716.340 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 588-1027 / 変異: K103N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, HIV-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04585, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
#3: 化合物 | ChemComp-M06 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6.1 詳細: sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 42589 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 63.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3LP1 解像度: 2.51→16.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.473 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 62.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→16.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.51→2.58 Å / Total num. of bins used: 20
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