PDB-3t8w: A bestatin-based chemical biology strategy reveals distinct roles...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t8w

タイトル

A bestatin-based chemical biology strategy reveals distinct roles for malaria M1- and M17-family aminopeptidases

要素

M17 leucyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / M17-leucyl aminopeptidase / protease / metallo-aminopeptidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

McGowan, S. / Klemba, M. / Greebaum, D.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Bestatin-based chemical biology strategy reveals distinct roles for malaria M1- and M17-family aminopeptidases
著者: Harbut, M.B. / Velmourougane, G. / Dalal, S. / Reiss, G. / Whisstock, J.C. / Onder, O. / Brisson, D. / McGowan, S. / Klemba, M. / Greenbaum, D.C.

履歴

登録	2011年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t8w.cif.gz	2.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t8w.ent.gz	2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t8vC 3kqx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zy2-2 3kr4-1 5cbm-2 3kr4-2 4r7m-2 6eee-1 3kqx-2 4r76-1 3kqz-1 4r6t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

730 kDa, 12 ポリマー
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1

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
364 kDa, 6 ポリマー
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2

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
366 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.748, 177.057, 231.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	M17 leucyl aminopeptidase / Pf-LAP 分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 84-605 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IL11

-
非ポリマー , 7種, 4907分子

#2: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION 分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#3: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-DGZ / N-((2R,3S,6S,18S,21S)-2-amino-18-(4-benzoylbenzyl)-21-carbamoyl-3-hydroxy-6-(naphthalen-2-ylmethyl)-4,7,16,19-tetraoxo-1-phenyl-11,14-dioxa-5,8,17,20-tetraazapentacosan-25-yl)hex-5-ynamide 分子量: 1010.183 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₆₇N₇O₁₀
#5: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	... ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL 分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40%(v/v) PEG400, 0.1M Tris, 0.2M LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2→88.64 Å / Num. obs: 477295 / % possible obs: 100 % / B_iso Wilson estimate: 17.48 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→81.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9545 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9331 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2001	23964	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1637	-	-	-
obs	0.1655	476465	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 236.76 Å² / B_iso mean: 20.4 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1295 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1358 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.2653 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.196 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→81.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47032	0	1468	4795	53295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	16170	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	1126	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	7114	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	48440	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	6466	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	61291	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	49376	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	66810	HARMONIC	2	1.09
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.48
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.26

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2318	1769	5.05 %
R_work	0.204	33254	-
all	0.2054	35023	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4555	-0.0409	-0.134	0.1438	0.0325	0.1854	-0.0131	-0.0851	0.0312	0.0274	0.0146	-0.0178	-0.0296	-0.0176	-0.0015	-0.0408	0.0223	-0.0142	0.0064	-0.0373	-0.0268	73.5956	82.0773	40.083
2	0.3941	-0.0366	0.0766	0.225	0.038	0.4311	-0.0266	-0.0043	0.0397	-0.0294	0.0251	-0.1077	0.0221	0.0667	0.0016	-0.0786	0.001	0.0246	-0.0513	-0.0301	0.027	119.386	69.1754	13.9286
3	0.3839	-0.0941	-0.0858	0.32	0.1284	0.1719	-0.0057	0.0274	-0.0645	-0.0461	-0.0147	0.0267	-0.0141	-0.0575	0.0204	-0.0368	-0.0045	-0.0072	-0.0136	-0.016	-0.0313	71.5635	57.824	-8.6197
4	0.3185	-0.1111	-0.0429	0.2754	0.0241	0.1298	-0.0215	-0.0318	-0.0421	0.009	0.0068	0.0427	0.0324	-0.054	0.0147	-0.0519	-0.0163	0.0066	0.0213	-0.0087	-0.0324	57.3885	41.4414	27.1722
5	0.1259	0.0343	0.0316	0.1672	0.0927	0.384	-0.0175	-0.0055	-0.0531	-0.0169	0.0153	-0.0569	0.0355	0.04	0.0022	-0.0425	0.0162	0.0207	-0.0264	-0.0143	0.0177	105.664	31.024	6.0791
6	0.44	-0.002	0.0169	0.4122	0.1085	0.2293	0.0173	-0.1289	0.0292	0.0872	-0.0016	-0.0973	0.0219	0.017	-0.0157	-0.0578	0.017	-0.0246	0.0255	-0.0083	-0.0613	101.397	54.9454	53.8534
7	0.5314	-0.0508	-0.146	0.1716	-0.0053	0.2547	-0.0101	-0.0695	0.0081	0.0218	0.0252	-0.0157	-0.0225	-0.023	-0.0151	-0.0393	0.0191	-0.0152	-0.0232	0.0499	-0.0212	76.0514	82.1077	155.793
8	0.3496	-0.0327	0.0909	0.1942	0.0725	0.4313	-0.0165	0.0191	0.0267	-0.0376	0.0165	-0.1043	0.0406	0.0839	0	-0.0624	-0.001	0.0388	-0.0417	0.0533	0.0183	121.872	69.2173	129.639
9	0.277	-0.0638	-0.1063	0.3353	0.2444	0.3452	-0.0136	0.047	-0.0797	-0.0412	-0.0191	0.0368	-0.0043	-0.045	0.0327	-0.036	0.0014	-0.0067	-0.0089	0.065	-0.0426	74.1029	57.8409	107.187
10	0.3188	-0.1415	-0.1007	0.3017	0.0346	0.1497	-0.0076	0.0047	-0.0351	-0.0136	0.0047	0.0648	0.0352	-0.067	0.0028	-0.0535	-0.018	-0.0099	0.0078	0.0638	-0.0167	59.9358	41.4506	142.827
11	0.081	0.0538	0.0003	0.0992	0.0748	0.4722	-0.0125	0.0006	-0.0382	-0.0155	0.0233	-0.0544	0.0213	0.029	-0.0108	-0.0266	0.0186	0.0129	-0.0259	0.0417	0.0005	108.239	31.0226	121.801
12	0.5493	0.0269	0.0089	0.3994	-0.001	0.2256	0.0105	-0.0819	0.0464	0.0347	0.0073	-0.0607	-0.0001	0.0239	-0.0177	-0.0496	0.0212	-0.0217	-0.0132	0.0607	-0.0522	103.916	54.9151	169.588
13	0	-0.0621	0.0595	0	0.0374	0.1684	-0.0024	-0.0077	-0.0586	0.0677	0.0053	0.0038	-0.0586	-0.0671	-0.0029	0.0061	-0.0586	0.0425	0.0855	0.0502	0.0689	79.8535	54.248	80.9855
14	0.0079	-0.0059	0.0045	0.0223	0.0691	0.0978	0.0154	-0.0252	-0.0129	0.0367	0.0095	-0.0242	0.0046	-0.0274	-0.0249	-0.0153	-0.0048	0.0542	-0.0696	0.0661	0.0391	88.0153	54.4122	89.8377

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|85 - A\|603 }	A	85 - 603
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|86 - B\|603 }	B	86 - 603
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|86 - C\|603 }	C	86 - 603
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|85 - D\|603 }	D	85 - 603
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|86 - E\|602 }	E	86 - 602
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|86 - F\|603 }	F	86 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|85 - G\|603 }	G	85 - 603
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|86 - H\|603 }	H	86 - 603
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|86 - I\|603 }	I	86 - 603
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|85 - J\|603 }	J	85 - 603
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|86 - K\|602 }	K	86 - 602
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|86 - L\|603 }	L	86 - 603
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	A	609 - 610
14	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	C	610 - 614
15	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	E	609 - 611
16	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	D	610 - 611
17	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	G	610 - 613
18	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	I	610 - 614
19	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	H	610 - 612
20	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	K	609
21	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	J	610 - 612
22	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|609 - A\|610 C\|610 - C\|614 E\|609 - E\|611 D\|610 - D\|611 G\|610 - G\|613 I\|610 - I\|614 H\|610 - H\|612 K\|609 - K\|609 J\|610 - J\|612 L\|610 - L\|610 }	L	610
23	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	A	611 - 612
24	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	C	615 - 616
25	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	B	610
26	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	E	612 - 614
27	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	D	612 - 615
28	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	G	614 - 617
29	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	F	610 - 612
30	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	I	615 - 617
31	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	H	613
32	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	K	610 - 613
33	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	J	613 - 616
34	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|611 - A\|612 C\|615 - C\|616 B\|610 - B\|610 E\|612 - E\|614 D\|612 - D\|615 G\|614 - G\|617 F\|610 - F\|612 I\|615 - I\|617 H\|613 - H\|613 K\|610 - K\|613 J\|613 - J\|616 L\|611 - L\|614 }	L	611 - 614

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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