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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t40 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Indole Glycerol Phosphate Synthase (IGPS) complex with N-2-Carboxyphenyl Glycine (CPG) | ||||||
![]() | Indole-3-glycerol phosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Indole-3-glycerol Phosphate Synthase (IGPS) / Tryptophan biosynthesis / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() 5-phosphoribose 1-diphosphate metabolic process / indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights and Inhibition of Mycobacterium tuberculosis Indole Glycerol Phosphate Synthase (IGPS): an Essential Enzyme for Tryptophan Biosynthesis 著者: Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Thurman, C. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28053.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MT1646, MTCY01B2.03, Rv1611, trpC / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A632, UniProt: P9WFX7*PLUS, indole-3-glycerol-phosphate synthase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-3RG / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate, 2.0 ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月2日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 22373 / Num. obs: 22373 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 21.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.669 / Net I/σ(I): 12.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1IGS 解像度: 1.752→33.966 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.8474 / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 76.474 Å2 / ksol: 0.414 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.27 Å2 / Biso mean: 28.8737 Å2 / Biso min: 11.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.752→33.966 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.9888 Å / Origin y: 1.7667 Å / Origin z: 7.8755 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: CHAIN A AND RESID 7:268) |