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- PDB-5wcm: Crystal structure of the complex between class B3 beta-lactamase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wcm
タイトルCrystal structure of the complex between class B3 beta-lactamase BJP-1 and 4-nitrobenzene-sulfonamide - new refinement
要素Blr6230 protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / ZINC ENZYME / SULFONAMIDE COMPLEX / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-nitrobenzenesulfonamide / Blr6230 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Menciassi, N. / Shabalin, I.G. / Raczynska, J.E. / Wlodawer, A. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2010
タイトル: High-resolution crystal structure of the subclass B3 metallo-beta-lactamase BJP-1: rational basis for substrate specificity and interaction with sulfonamides.
著者: Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Stoczko, M. / Menciassi, N. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: Drug Resist. Updat. / 年: 2018
タイトル: A close look onto structural models and primary ligands of metallo-beta-lactamases.
著者: Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Wlodawer, A. / Jaskolski, M.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年7月19日ID: 3M8T
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blr6230 protein
B: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,56015
ポリマ－57,4362
非ポリマー1,12413
水14,718817
1
A: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3128
ポリマ－28,7181
非ポリマー5957
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2477
ポリマ－28,7181
非ポリマー5296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.352, 44.908, 76.635
Angle α, β, γ (deg.)79.340, 90.590, 61.680
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Blr6230 protein


分子量: 28717.814 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 32-294 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (根粒菌)
株: JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110 / 遺伝子: blr6230 / プラスミド: PET-9A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89GW5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-4NZ / 4-nitrobenzenesulfonamide


分子量: 202.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30-35% PEG 4000, 5MM ZNCL2, 0.5M SODIUM ACETATE, TRIS-HCL 0.1M, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 124424 / % possible obs: 82.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.049 / Rsym value: 0.044 / Χ2: 0.818 / Net I/av σ(I): 28.6 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
1.2-1.223.60.2924.424290.9340.1750.3410.2920.92932
1.22-1.243.60.260.9540.1550.3030.93138.8
1.24-1.273.60.2320.9560.1380.2710.92346.6
1.27-1.293.60.2040.9570.1220.2380.90856.5
1.29-1.323.60.1780.9670.1070.2080.91970.5
1.32-1.353.70.1560.9720.0930.1820.88188.3
1.35-1.393.60.1350.9790.0810.1570.86789.2
1.39-1.423.70.1110.9840.0670.130.85789.3
1.42-1.463.70.10.9850.0590.1160.85190.1
1.46-1.513.80.0890.9870.0520.1030.83490.5
1.51-1.5740.0750.9910.0420.0860.80491.5
1.57-1.634.10.0660.9920.0360.0750.77592.5
1.63-1.74.40.0590.9930.0310.0670.78393.5
1.7-1.794.70.0540.9940.0270.0610.79294.3
1.79-1.95.30.050.9950.0240.0560.83596.3
1.9-2.055.70.0450.9960.0210.0490.81196.6
2.05-2.265.80.0410.9970.0190.0450.78497.1
2.26-2.595.80.0390.9970.0180.0430.7797.9
2.59-3.265.70.0370.9960.0170.0410.75798
3.26-504.90.0350.9920.0190.040.77992.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LVZ

3lvz


解像度: 1.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.182 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.0446 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.043
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1598 6083 4.9 %RANDOM
Rwork0.132 ---
obs0.1334 117432 81.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 248.99 Å2 / Biso mean: 18.358 Å2 / Biso min: 9.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20.04 Å2-0.03 Å2
2--0.06 Å2-0.03 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 37 829 4840
Biso mean--15.56 31.77 -
残基数----526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.024191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9695679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06438909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7985540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84125.148169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.31415692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6371514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.02734191
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.7320.005516
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.3720.0054381
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 154 -
Rwork0.201 2859 -
all-3013 -
obs--26.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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