PDB-3szl: IspH:Ligand Mutants - wt 70sec

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3szl

タイトル

IspH:Ligand Mutants - wt 70sec

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 4Fe-4S iron-sulfur cluster / conserved cysteine / induced fit mechanism / IPP and DMAPP production final step / non-mevalonate pathway / substrate HMBPP

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Span, I. / Graewert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Mutant IspH Proteins Reveal a Rotation of the Substrate's Hydroxymethyl Group during Catalysis.
著者: Span, I. / Grawert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

履歴

登録	2011年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3szl.cif.gz	274.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3szl.ent.gz	221.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3szl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3szl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3szl_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3szl_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	3szl_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3szoC 3szuC 3t0fC 3t0gC 3f7tS 3dnf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kef-3 3kel-3 4eb3-1 3kef-2 3urk-2 4mv0-2 3uv6-1 3utd-1 4h4e-2 3urk-1 3zgl-1 3t0g-2 4muy-1 3szo-1 4h4c-1 4mux-2 4mv5-1 3ke9-2 4muy-2 3uwm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.990, 80.700, 111.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 13 - 321

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / IspH 分子量: 36223.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP 分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₈P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM lithium sulfate, 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月11日
放射	モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 84965 / Num. obs: 79612 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F7T

3f7t

解像度: 1.6→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.756 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24241	3964	5 %	RANDOM
R_work	0.21273	-	-	-
obs	0.21423	75318	100 %	-
all	-	79456	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	46	603	5422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.679	1.976	6644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.843	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.399	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.892	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.445	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	2.095	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.851	1.5	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.543	2	4961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.971	3	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.255	4.5	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.776	3	4895

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2383 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.43	0.5
A	medium thermal	2.13	2
B	medium positional	0.43	0.5
B	medium thermal	2.13	2

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	267	-
R_work	0.312	5083	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8673	-6.3992	-2.8268	4.6841	2.9021	2.9544	-0.0953	-0.0898	-0.0911	0.1758	0.1121	0.0311	0.2214	0.1081	-0.0168	0.1319	0.0285	-0.0315	0.1399	0.0285	0.1717	-6.2561	-8.8275	-7.0724
2	2.3146	1.0661	1.0752	0.7387	0.5793	0.5342	0.0532	-0.079	-0.1473	-0.0424	-0.022	-0.041	-0.0047	-0.0205	-0.0312	0.159	-0.0021	-0.0089	0.168	-0.0038	0.1295	-29.5469	-10.2302	-10.5864
3	2.2459	1.123	0.6096	2.3538	1.1254	1.2369	0.0232	0.2312	0.013	-0.115	-0.0649	0.0743	-0.081	-0.1741	0.0417	0.0894	0.0289	-0.0475	0.139	-0.0561	0.0938	-40.4012	-12.64	-22.3571
4	2.7227	0.678	0.8178	0.5002	0.3671	0.3271	-0.0101	0.0121	-0.1692	-0.0064	0.075	-0.0679	-0.0166	0.0382	-0.0649	0.1705	0.0113	0.0061	0.1767	-0.0091	0.0986	-26.0714	-9.9994	-22.2097
5	11.4517	-10.3705	1.4114	17.4253	3.1683	3.3721	0.8565	2.478	0.0565	-0.709	-1.1856	-0.5059	0.2878	0.6779	0.329	0.1213	0.1294	0.1115	0.7113	-0.1752	0.4125	-37.5105	-9.2117	-27.9115
6	0.2192	0.3197	0.4096	3.4409	1.0633	0.8421	0.0293	0.0421	0.0113	-0.1851	-0.1119	0.3115	-0.0189	0.0564	0.0826	0.1634	0.023	-0.0391	0.169	-0.0237	0.1507	-41.1578	-3.739	-20.8351
7	2.8654	0.0117	0.4267	3.8596	1.4441	3.4818	-0.0299	-0.046	-0.0465	-0.0862	-0.0304	0.8325	-0.0904	0.0407	0.0603	0.0779	0.0286	-0.088	0.0873	-0.0333	0.2759	-48.2414	0.477	-22.3854
8	0.0172	-0.0985	-0.1328	0.6393	0.7987	1.0471	-0.0145	-0.0068	-0.0093	0.0292	-0.0752	0.1175	0.03	-0.0047	0.0897	0.1505	0.0124	-0.0095	0.191	-0.0313	0.145	-38.7682	0.1756	-11.0069
9	1.3662	-0.8506	2.0416	11.2469	2.2703	4.2453	0.0356	-0.0311	0.0159	0.561	-0.2738	0.7691	0.2396	-0.0945	0.2382	0.0324	-0.016	0.0474	0.1266	-0.0759	0.2689	-44.0092	15.8518	-9.5401
10	0.689	-0.9776	-0.555	1.7482	0.653	0.5032	0.0154	-0.0084	0.0213	-0.1535	0.013	0.06	0.0427	0.0264	-0.0284	0.1779	0.0105	-0.0229	0.1623	-0.0011	0.1077	-30.6454	11.8942	-17.7626
11	1.285	0.4365	-0.3134	2.8224	0.3087	0.158	-0.0059	0.0681	0.0406	-0.2949	-0.0269	0.1908	-0.0408	0.0194	0.0328	0.125	0.018	-0.0539	0.1234	0.0168	0.0905	-34.2244	21.4044	-16.553
12	0.3603	-0.0219	-0.1554	1.6713	-0.0262	0.0695	0.0323	0.037	0.0241	0.0991	-0.0318	-0.1158	-0.0002	-0.0183	-0.0005	0.166	0.0071	-0.0111	0.1582	-0.0139	0.1191	-23.4578	14.4835	-9.8098
13	0.6141	-0.2967	0.2711	3.7802	-2.9461	2.2998	0.0943	-0.1033	0.043	0.0521	-0.0255	0.1073	-0.0251	0.0239	-0.0688	0.1588	0.0033	0.0247	0.1362	-0.0211	0.0962	-29.4406	22.44	-4.5998
14	1.4678	-0.6552	-0.144	0.6421	-0.1019	0.0938	-0.0159	-0.0507	0.0792	0.0083	0.0006	-0.0712	0.0033	0.0066	0.0153	0.1695	0.0055	-0.0112	0.1842	-0.0147	0.105	-19.2972	2.9248	-5.4426
15	1.8104	0.7846	0.5083	1.0182	0.7194	0.5781	-0.0139	0.021	0.0285	-0.0568	0.0104	-0.0949	-0.0264	-0.0462	0.0035	0.1406	-0.0002	0.0124	0.1515	0.0033	0.1278	-11.2874	0.4867	-15.9532
16	2.6355	-0.2228	-0.1644	1.6953	0.1344	2.5339	-0.0166	0.1731	-0.1222	-0.2197	0.0927	-0.1706	0.0897	0.1932	-0.0761	0.0848	0.0164	0.0435	0.1183	-0.0011	0.1184	-3.0434	-8.433	-20.957
17	1.8538	-0.0372	0.2009	0.8628	0.2943	0.1265	0.0073	-0.0406	-0.0683	0.0887	0.0077	0.0007	0.0415	-0.0098	-0.015	0.1577	0.007	-0.0076	0.1451	0.0066	0.1253	-14.6784	-12.0032	-13.4382
18	2.0253	-0.1186	-1.1076	0.4926	0.6213	1.7549	-0.0577	-0.1103	-0.0921	0.0686	0.037	0.022	0.1948	0.0431	0.0208	0.1207	0.0248	-0.0147	0.1259	0.0276	0.1381	-8.2346	-11.8704	-7.353
19	7.8106	1.7169	3.9048	0.4165	0.8928	1.9847	-0.027	-0.2469	-0.0759	0.0031	0.0169	0.0154	0.0016	-0.0797	0.0101	0.1621	-0.0064	0.0112	0.2077	0.0127	0.0881	-32.132	-7.3035	-2.0423
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36	4.7582	-1.8509	1.9211	2.4427	-0.5056	5.2125	-0.148	-0.3619	-0.0908	0.2764	0.0373	0.3759	-0.0227	-0.4006	0.1107	0.0793	-0.0311	0.0937	0.1315	0.0082	0.1713	-64.1821	-8.5082	21.0201
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39	3.2252	-1.1101	2.6013	0.3927	-0.9162	2.142	-0.0294	0.1507	0.0344	-0.0317	-0.0254	-0.0196	0.0664	0.0993	0.0548	0.2275	0.0011	0.0157	0.229	-0.0168	0.0721	-33.4765	-7.9265	2.8046
40	23.8163	12.2877	6.2377	53.501	10.0988	35.8066	-0.4343	1.3705	-0.0313	-1.075	-0.0564	-1.7229	1.807	1.2648	0.4907	0.2166	0.1109	0.1014	0.1747	0.0698	0.0872	-22.9055	-15.8102	7.7299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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