PDB-3sxf: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sxf

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with Bumped Kinase Inhibitor, RM-1-89

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

transferase/transferase inhibitor / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple determinants for selective inhibition of apicomplexan calcium-dependent protein kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...

履歴

登録	2011年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sxf.cif.gz	201.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sxf.ent.gz	160.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sxf_validation.pdf.gz	692.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sxf_full_validation.pdf.gz	695.7 KB	表示
XML形式データ	3sxf_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	3sxf_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/3sxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx9C 3t3uC 3t3vC 3upxC 3upzC 3uqfC 3uqgC 3v51C 3v5pC 3v5tC 3i7bS 3i79 3i7c 3mwu 3n51 3ncg 3nyv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n51-d 3t3u-d 3i7b-d 3nyv-d 3ku2-d 4m84-d 3fbs-1 4m97-d 4mx9-d 3eb7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.446, 72.238, 65.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as AU

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a cleavable His-tag plus linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-BK5 / 3-(6-ethoxynaphthalen-2-yl)-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / RM-1-89 分子量: 347.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₅O
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 26% PEG 3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-89; mother liquor supplemented with 10% ethylene glycol prior to freezing in LN2, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日
回折測定	詳細: 1.00 degrees, 4.0 sec, detector distance 300.00 mm
放射	モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.965 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection	Av R equivalents: 0.064 / 数: 105862
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 28166 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 21.496
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.695 / % possible all: 99.2
Cell measurement	Reflection used: 105862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.6.0095	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3I7B

3i7b

解像度: 2.04→39.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 11.032 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2338	1432	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2008	-	-	-
obs	0.2026	28099	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.63 Å² / B_iso mean: 50.8917 Å² / B_iso min: 23.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	0.38 Å²
2-	-	2.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→39.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3614	0	34	76	3724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.85	1.968	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.735	3.001	6327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.559	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	749

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.038-2.091	0.311	97	0.292	1883	2002	98.901
2.091-2.148	0.295	113	0.269	1846	1959	100
2.148-2.21	0.273	96	0.241	1816	1912	100
2.21-2.278	0.254	73	0.237	1776	1849	100
2.278-2.352	0.291	90	0.215	1686	1776	100
2.352-2.434	0.221	75	0.21	1636	1712	99.942
2.434-2.526	0.299	80	0.226	1597	1677	100
2.526-2.629	0.252	74	0.224	1537	1611	100
2.629-2.745	0.242	77	0.212	1451	1529	99.935
2.745-2.878	0.213	66	0.219	1413	1479	100
2.878-3.033	0.255	79	0.205	1286	1365	100
3.033-3.216	0.251	56	0.203	1269	1327	99.849
3.216-3.436	0.241	73	0.206	1168	1242	99.919
3.436-3.709	0.236	57	0.197	1083	1141	99.912
3.709-4.06	0.239	70	0.18	983	1053	100
4.06-4.533	0.202	59	0.166	897	958	99.791
4.533-5.222	0.247	49	0.182	791	840	100
5.222-6.368	0.228	40	0.204	660	702	99.715
6.368-8.89	0.164	32	0.18	513	546	99.817
8.89-39.3	0.182	19	0.16	273	301	97.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8594	-0.8404	1.1422	2.948	-1.8111	6.5953	-0.1202	-0.1548	0.1662	0.2653	-0.0863	-0.107	-0.2658	0.1317	0.2065	0.0866	0.0039	-0.012	0.0337	0.0062	0.1309	12.9713	14.1346	70.7336
2	1.0569	-0.0962	0.4408	1.7477	-1.616	4.1348	0.095	0.0854	-0.0389	-0.1298	-0.323	-0.1842	0.3221	0.4746	0.228	0.1245	0.0682	0.0096	0.1103	0.0328	0.1646	16.4815	15.2717	55.4585
3	1.4775	0.0685	0.9195	1.6378	0.0091	2.1841	0.0534	0.3352	-0.0511	-0.2744	-0.0751	-0.0365	0.2876	0.3344	0.0217	0.1307	0.0861	0.0164	0.1487	0.011	0.094	16.148	22.0953	43.5436
4	8.0548	-6.6929	-2.0254	8.2788	1.7219	12.0253	0.2797	0.6104	-0.3436	0.2049	-0.4101	0.4939	-0.0759	-0.3025	0.1304	0.2934	-0.0057	0.0002	0.0605	-0.0169	0.0392	38.8265	30.1111	86.3275
5	4.6977	-0.6944	-1.7818	2.9811	0.3298	3.4749	0.0408	-0.0059	0.3612	0.2171	0.2884	0.1478	-0.1809	-0.0415	-0.3292	0.0546	0.0395	-0.0218	0.1186	0.0563	0.2054	35.5085	37.5202	54.6299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	357 - 434
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	435 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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