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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sl6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of PDE4D2 with compound 12c | ||||||
![]() | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | ||||||
![]() | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / catalytic domain / cAMP hydrolysis / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of heart rate / adrenergic receptor signaling pathway / heterocyclic compound binding / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / cAMP-mediated signaling / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Feil, S.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Thiophene inhibitors of PDE4: Crystal structures show a second binding mode at the catalytic domain of PDE4D2. 著者: Nankervis, J.L. / Feil, S.C. / Hancock, N.C. / Zheng, Z. / Ng, H.L. / Morton, C.J. / Holien, J.K. / Ho, P.W. / Frazzetto, M.M. / Jennings, I.G. / Manallack, D.T. / Martin, T.J. / Thompson, P.E. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 227.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41523.887 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 381-741 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase |
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-非ポリマー , 6種, 264分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/JN8.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/JN8.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-JN8 / #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | #6: 化合物 | ChemComp-EPE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 25% (v/v) ethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol, 100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月11日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni Filters / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→67.36 Å / Num. obs: 89513 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.45 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.8 / Scaling rejects: 3013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Molrep / 解像度: 2.44→65.19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8356 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.324 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.09 Å2 / Biso mean: 44.3798 Å2 / Biso min: 17.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→65.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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