PDB-3s0e: Apis mellifera OBP14 in complex with the odorant eugenol (2-metho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s0e

タイトル

Apis mellifera OBP14 in complex with the odorant eugenol (2-methoxy-4(2-propenyl)-phenol)

要素

OBP14

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / unknown odorant molecules / antennae

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Apis mellifera OBP14, a C-minus odorant-binding protein, and its complexes with odorant molecules.
著者: Spinelli, S. / Lagarde, A. / Iovinella, I. / Legrand, P. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

履歴

登録	2011年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s0e.cif.gz	61.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s0e.ent.gz	44.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s0e_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s0e_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	3s0e_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	3s0e_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rzsC 3s0aSC 3s0bC 3s0dC 3s0fC 3s0gC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s0f-1 3s0d-d 1ooi-d 5nll-d 1fld-d 3s0f-2 5nyn-d 5j7d-3 2fax-d 2cyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OBP14

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.610, 40.260, 91.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OBP14 / odorant binding protein 14 分子量: 13553.611 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-135 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 遺伝子: NP_001035313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1W640
#2: 化合物	ChemComp-EOL / 2-methoxy-4-(prop-2-en-1-yl)phenol / eugenol / オイゲノ-ル分子量: 164.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.8 詳細: 1.8-1.9 M tri-sodium citrate, 25 mM CHES, pH 9.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8265
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45 Å / Num. all: 17204 / Num. obs: 17204 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1169 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S0A

3s0a

解像度: 1.6→32.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9403 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9413 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2005	890	5.18 %	RANDOM
R_work	0.1899	-	-	-
all	0.1904	17183	-	-
obs	0.1904	17183	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.12 Å² / B_iso mean: 26.37 Å² / B_iso min: 10.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.0029 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.1365 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1335 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.199 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	943	0	12	139	1094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	368	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	36	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	129	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	963	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	133	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1293	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	975	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1312	HARMONIC	2	1.07
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.79

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.7 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	138	5.24 %
R_work	0.2074	2497	-
all	0.2093	2635	-
obs	-	2635	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-0.085	0.0293	0.0438	-0.046	0.0415	0.0003	-0.0005	0.003	-0.0012	-0.0012	0.0016	-0.0016	0.0012	0.0009	0.0158	0.0175	-0.0062	-0.013	-0.0094	-0.0034	-2.5236	-1.2336	-12.3114
2	0.0172	-0.0942	0.1106	0.0851	-0.0954	0.0647	0.0008	-0.0005	0.0007	-0.001	0.0006	0.0032	-0.0025	-0.0018	-0.0014	0.0038	0.0089	-0.0292	-0.0085	0.0058	-0.0036	-6.795	-13.1349	-19.7384
3	0.0384	0.0482	0.033	0.0368	0.036	0	0	-0.0015	0	-0.0014	-0.0018	0.0063	0.003	-0.0011	0.0019	-0.001	-0.0027	-0.0047	-0.0024	-0.0137	0.002	-8.7118	-21.2512	-13.0302
4	0	-0.095	0.2262	0.003	0.0592	0.0405	0.0001	-0.0095	-0.0046	-0.0009	-0.001	0.0006	0.0041	-0.0035	0.0009	0.0048	0.0178	-0.0165	-0.0042	-0.0153	-0.0056	-0.8091	-22.7215	-9.2514
5	0.0978	0.0321	0.0398	0.0478	0.0805	0.0533	0.0006	0.0073	0.0003	0.0012	0.0012	0.003	0.0017	0.0027	-0.0018	0.0148	0.0262	-0.0206	-0.0144	-0.0393	0.0073	-0.3215	-21.0566	-18.3989
6	0.033	0.0043	0.0511	0.0346	-0.0326	0.0046	-0.0006	0.0031	0.0018	-0.0019	0.0003	0.0001	0.0007	0.0022	0.0003	0.004	-0.0028	-0.0116	0.0012	0.0222	-0.0031	7.3821	-12.4562	-21.7971
7	0.0278	-0.0038	0.0165	0.0025	-0.0022	0.0015	0.0006	0.0015	-0.0002	0.0012	0.0004	-0.0006	-0.003	0.0021	-0.0011	-0.0046	-0.0034	-0.0014	0.0019	0.0037	-0.0015	12.5709	-9.673	-16.5647
8	0	-0.0133	0.043	0.0631	0.1033	0	0	-0.0004	0.0014	-0.0011	-0.0003	0.0011	-0.004	0.0016	0.0003	-0.0091	-0.0078	-0.0119	-0.0064	-0.0295	0.0081	9.7593	-3.7074	-5.4056
9	0.087	-0.0414	0.0198	0.005	0.0717	0.0025	0	0.0002	0.0007	0.0012	-0.002	-0.0002	-0.0012	0.0009	0.002	-0.016	0.0009	-0.0081	0.0203	-0.0294	0.0007	15.8085	-12.6113	-7.5771
10	0.0743	-0.0181	0.008	0.0002	0.0922	0.0143	-0.0006	-0.0001	0.0005	-0.0042	0.0006	-0.0013	-0.0014	0.003	0	-0.0079	0.0184	-0.0168	0.0041	-0.0402	0.0004	10.6463	-24.4883	-18.0195
11	0.0919	-0.0601	0.125	0.0142	0.0431	0.0289	0.0005	-0.0075	0.0019	0	-0.0003	-0.0007	0.0025	0.0016	-0.0003	-0.0181	0.0035	-0.0285	0.0113	-0.0333	-0.0018	7.3803	-17.7479	-8.0322
12	0.0612	0.0533	0.0312	0.0059	0.1281	0.0378	0	0.0041	-0.0007	0.0026	0.0021	-0.0008	-0.0045	0.0004	-0.0021	-0.0087	0.0057	0.0025	0.0175	-0.0576	-0.0175	-2.8395	-8.1337	-4.29

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - A\|10}	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|11 - A\|20}	A	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|21 - A\|30}	A	21 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|31 - A\|40}	A	31 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|41 - A\|50}	A	41 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|51 - A\|60}	A	51 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|61 - A\|70}	A	61 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|71 - A\|80}	A	71 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|81 - A\|90}	A	81 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|91 - A\|100}	A	91 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|101 - A\|110}	A	101 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|111 - A\|119}	A	111 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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