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- PDB-5nll: CLOSTRIDIUM BEIJERINCKII FLAVODOXIN: OXIDIZED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nll
タイトルCLOSTRIDIUM BEIJERINCKII FLAVODOXIN: OXIDIZED
要素FLAVODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / FLAVOPROTEIN / FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ludwig, M.L. / Pattridge, K.A. / Metzger, A.L. / Dixon, M.M. / Eren, M. / Feng, Y. / Swenson, R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Control of oxidation-reduction potentials in flavodoxin from Clostridium beijerinckii: the role of conformation changes.
著者: Ludwig, M.L. / Pattridge, K.A. / Metzger, A.L. / Dixon, M.M. / Eren, M. / Feng, Y. / Swenson, R.P.
#1: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins 1993 : Proceedings of the Eleventh International Symposium, Nagoya (Japan) July 27-31, 1993
年: 1994
タイトル: Cis-Trans Isomerization of the 57-58 Peptide in Crystalline Flavodoxins from C. Beijerinckii
著者: Ludwig, M.L. / Dixon, M.M. / Pattridge, K.A. / Swenson, R.P.
#2: ジャーナル: Chemistry and Biochemistry of Flavoenzymes / 年: 1992
タイトル: Structure and Redox Properties of Clostridial Flavodoxin
著者: Ludwig, M.L. / Luschinsky, C.L.
#3: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins 1990 : Proceedings of the Tenth International Symposium, Como, Italy, July 15-20, 1990
年: 1991
タイトル: Structural Characterization of Site Mutants of Clostridial Flavodoxin
著者: Ludwig, M.L. / Pattridge, K.A. / Eren, M. / Swenson, R.P.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure and Oxidation-Reduction Behavior of 1-Deaza-Fmn Flavodoxins: Modulation of Redox Potentials in Flavodoxins
著者: Ludwig, M.L. / Schopfer, L.M. / Metzger, A.L. / Pattridge, K.A. / Massey, V.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Structure of the Semiquinone Form of Flavodoxin from Clostridium Mp. Extension of 1.8 A Resolution and Some Comparisons with the Oxidized State
著者: Smith, W.W. / Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Ludwig, M.L.
#6: ジャーナル: FLAVINS AND FLAVOPROTEINS / 年: 1976
タイトル: The Structure of Clostridium Mp Flavodoxin as a Function of Oxidation State, Some Comparisons of the Fmn-Binding Sites in Oxidized, Semiquinone and Reduced Forms
著者: Ludwig, M.L. / Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Jordan, S.R. / Kendall, D.S. / Smith, W.W.
#7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1974
タイトル: The Structure of the Oxidized Form of Clostridial Flavodoxin at 1.9-A Resolution
著者: Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Kendall, D.S. / Lequesne, M.E. / Mayhew, S.G. / Smith, W.W. / Ludwig, M.L.
#8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1972
タイトル: Structure of the Radical Form of Clostridial Flavodoxin: A New Molecular Model
著者: Andersen, R.D. / Apgar, P.A. / Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Lequesne, M.E. / Mayhew, S.G. / Ludwig, M.L.
#9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1969
タイトル: The Structure of a Clostridial Flavodoxin. I. Crystallographic Characterization of the Oxidized and Semiquinone Forms
著者: Ludwig, M.L. / Andersen, R.D. / Mayhew, S.G. / Massey, V.
履歴
登録1996年12月23日処理サイト: BNL
置き換え1997年3月12日ID: 3FXN
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8012
ポリマ－15,3441
非ポリマー4561
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.480, 61.480, 70.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 FLAVODOXIN


分子量: 15344.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OXIDIZED / 由来: (天然) Clostridium beijerinckii (バクテリア) / 参照: UniProt: P00322
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.5-2.8 Mammonium sulfate1reservoir
2Tris-HCl1reservoiror phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源波長: 1.5418
検出器検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→10 Å / Num. obs: 14070 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSDETECTOR SYSTEM (NIELSEN)データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.75→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.186 --
obs0.186 14070 90.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 15.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1073 0 31 111 1215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.419
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.51
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.287
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.51
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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