PDB-3s04: Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s04

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with an Arylomycin Lipoglycopeptide Antibiotic

要素

Glyco-Arylomycin
Signal peptidase I

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / mostly-beta fold / Membrane bound / serine protease / Secreted preproteins / Cytoplasmic membrane / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex / signal peptidase / leader peptidase / signal peptide / leader peptide / serine-lysine dyad

機能・相同性

機能・相同性情報

signal peptidase I / thylakoid membrane organization / signal peptide processing / protein processing / peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Paetzel, M. / Luo, C.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Synthesis and characterization of the arylomycin lipoglycopeptide antibiotics and the crystallographic analysis of their complex with signal peptidase.
著者: Liu, J. / Luo, C. / Smith, P.A. / Chin, J.K. / Page, M.G. / Paetzel, M. / Romesberg, F.E.

履歴

登録	2011年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Database references
改定 1.3	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2023年12月6日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 300

THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HETERODIMER OF ONE SIGNAL PEPTIDASE I MOLECULE AND ONE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3s04.ent.gz	158.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3s04_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s04_full_validation.pdf.gz	482.6 KB	表示
XML形式データ	3s04_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	3s04_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/3s04	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1t7dS 1b12 1kn9 3iiq S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6y73-1 4hz4-d 5wxz-d 6y73-3 1kn9-4 1b12-2 5zyv-d 3ks6-4 6gg8-d 6h40-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal peptidase I

B: Signal peptidase I

I: Glyco-Arylomycin

J: Glyco-Arylomycin

ヘテロ分子

58.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Signal peptidase I

J: Glyco-Arylomycin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Signal peptidase I

I: Glyco-Arylomycin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Signal peptidase I

J: Glyco-Arylomycin

ヘテロ分子

B: Signal peptidase I

I: Glyco-Arylomycin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.010, 72.010, 262.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

Signal peptidase I / SPase I / Leader peptidase I

分子量: 28079.814 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic domain, UNP residues 76-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2568, JW2552, lepB / プラスミド: pET3d / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00803, signal peptidase I

#2: タンパク質・ペプチド

Glyco-Arylomycin

タイプ: Lipoglycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 660.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: BAL4850C IS A VARIANT OF THE LIPOGLYCO ARYLOMYCIN HERE BAL4850C IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE, THE LIPID (O2U) AND RHAMNOSE.
由来: (天然)

Streptomyces sp. (バクテリア) / 参照: Arylomycin

#3: 化合物

ChemComp-02U / 14-methylhexadec-9-enoic acid

タイプ: Lipoglycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 268.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₂O₂
詳細: BAL4850C IS A VARIANT OF THE LIPOGLYCO ARYLOMYCIN HERE BAL4850C IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE, THE LIPID (O2U) AND RHAMNOSE.
参照: Arylomycin

#4: 糖

ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking, Lipoglycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅
詳細: BAL4850C IS A VARIANT OF THE LIPOGLYCO ARYLOMYCIN HERE BAL4850C IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE, THE LIPID (O2U) AND RHAMNOSE.
参照: Arylomycin

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

構成要素の詳細

THE GLYCO-ARYLOMYCIN IS A CYCLIC LIPOHEXAPEPTIDE, A MEMBER OF THE ARYLOMYCIN FAMILY. ALL MEMBERS ...

配列の詳細

RESIDUE 02V of CHAIN I AND J IS N-METHYL-DIHYDROXYPHENYLGLYCINE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Osimic Confocal VariMax High Flux optics プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→32.2 Å / Num. all: 26783 / Num. obs: 26680 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 9.29 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 10.89 % / R_merge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 2605 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T7D

1t7d

解像度: 2.44→32.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 18.315 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2647	1321	5 %	RANDOM
R_work	0.24511	-	-	-
obs	0.24605	24852	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.028 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→32.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3475	0	28	57	3560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.098	1.989	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.257	5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.98	24.146	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.699	15	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.333	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.022	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.387	1.5	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.727	2	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.89	3	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.626	4.5	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	87	-
R_work	0.329	1821	-
obs	-	-	98.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6527	2.7503	-1.3577	4.9697	-4.6565	8.5309	-0.056	-0.3269	-0.4373	-0.3379	0.0877	0.0589	1.333	0.11	-0.0317	0.6323	0.0301	0.0354	0.435	0.0227	0.4711	3.5415	-9.4614	54.8742
2	11.264	-6.0602	6.3729	48.8787	-20.8811	11.1474	-0.1219	-0.3753	-0.3378	-0.6866	0.4512	2.0698	0.8623	-0.5953	-0.3293	0.6369	-0.1777	0.209	0.6079	-0.1766	0.6954	-13.6604	-8.5119	55.055
3	2.4828	-1.0997	0.8781	4.8395	-1.971	4.4445	0.1691	0.2279	-0.492	-0.3118	-0.1172	0.1939	0.8336	-0.1443	-0.0519	0.5216	-0.118	0.0338	0.4459	-0.028	0.4733	-7.1403	-5.1883	44.153
4	24.6455	-0.8169	11.1661	-12.1092	-6.6518	19.8131	-3.9413	1.0122	1.7771	-0.9971	1.8405	0.0528	0.9973	-6.4357	2.1008	1.3546	-0.7908	0.0308	2.6076	-0.5295	1.4884	-24.2493	-0.5454	42.866
5	12.8041	-5.4608	-4.8878	4.4977	-1.8463	12.1052	-0.2342	0.5498	-0.2448	-0.4372	0.0941	0.6991	0.2401	-0.7862	0.1401	0.586	0.0404	-0.0174	0.4935	0.0716	0.4874	-11.8561	9.8291	48.4792
6	9.3485	-4.517	2.2075	28.1208	4.3027	5.0178	0.6086	0.913	-0.0362	-1.3893	0.0008	-0.8614	0.0876	0.528	-0.6095	0.3626	-0.1116	0.0147	0.4835	-0.0602	0.4883	11.5338	6.7382	42.9166
7	27.274	6.3329	0.4411	29.7594	-2.379	15.2205	-0.2039	-1.0279	0.1435	0.347	0.5861	-2.1976	-0.3611	1.5877	-0.3822	0.2233	0.0081	0.0219	0.7051	0.1137	0.4948	14.6089	8.0552	47.1738
8	9.7628	-3.7317	-10.668	28.7978	20.122	42.6182	0.8683	0.425	1.5533	-1.344	-0.1113	-2.4528	-3.5319	2.4037	-0.757	0.4115	-0.1842	-0.0094	0.5234	0.2766	0.5437	16.3924	11.4954	41.3393
9	3.7308	1.484	-1.1176	4.2625	-0.4498	4.6533	-0.1595	0.2402	-0.0394	-0.1341	0.1772	0.354	0.4658	-0.3864	-0.0177	0.4468	-0.0526	0.003	0.4301	0.0243	0.4323	-6.6315	-0.3737	40.8803
10	5.8789	3.6556	2.139	5.3446	3.771	5.8075	0.0369	-0.6245	-0.3406	0.0968	0.0014	-0.4501	0.4971	0.2729	-0.0383	0.6603	0.0528	0.0445	0.4835	0.1122	0.4789	4.1438	-7.6129	57.3098
11	7.5134	3.4592	2.6101	16.0342	3.341	20.1625	-0.2037	-0.637	0.2073	0.3684	-0.2274	-0.7007	-1.8331	-0.229	0.4312	0.3942	-0.0255	0.0514	0.4617	0.0128	0.5357	-24.9691	39.5235	59.7078
12	1.882	1.2858	-0.5834	5.9592	3.5045	6.1954	0.0487	-0.4477	0.2313	0.5142	0.0587	-0.3299	-0.2972	0.4778	-0.1074	0.3947	-0.0099	-0.0329	0.3021	0.0025	0.4	-22.099	34.9667	57.8671
13	2.226	-0.8097	-1.4433	3.7654	1.836	2.9318	0.2203	-0.165	0.4453	-0.1045	-0.0502	-0.511	-0.3086	0.1728	-0.1701	0.4674	-0.0939	0.0324	0.442	0.0364	0.529	-11.8203	34.6962	50.0384
14	3.6271	-1.616	1.4177	3.1818	1.3915	4.2362	0.1122	0.5004	0.0591	-0.228	0.0542	-0.3167	-0.2545	0.468	-0.1664	0.5482	-0.0959	0.1147	0.4786	0.0816	0.4288	-15.4762	21.9317	46.1242
15	7.8231	-2.05	3.511	3.2964	-2.1518	6.2928	-0.0266	0.0001	0.0368	-0.0413	0.0264	0.0759	-0.0897	-0.3509	0.0002	0.3385	0.0045	0.0345	0.2549	-0.0252	0.3197	-26.0396	23.6982	42.7517
16	9.6614	3.8319	2.5665	8.4652	4.8191	7.9319	-0.2448	1.0766	0.4813	-1.0638	0.6899	-0.7002	-1.0737	1.0213	-0.4452	0.6495	-0.1589	0.1555	0.5603	0.0662	0.651	-4.3039	35.286	41.7695
17	2.6921	1.3793	-0.6016	2.3891	0.5211	3.1993	0.2667	-0.2164	0.2104	0.1128	-0.0395	-0.1328	-0.6168	0.0253	-0.2272	0.4967	-0.0324	-0.0039	0.3182	0.0712	0.4612	-17.7882	35.6201	51.8546
18	72.0649	40.5569	2.1165	94.0571	-43.4559	55.5805	-1.3001	2.818	-0.7286	-3.4705	-0.3997	0.0315	-0.9708	-0.6967	1.6998	1.5012	0.6116	-0.3814	0.8177	-0.2274	0.1605	-36.4608	34.6348	46.3958
19	14.3744	-23.965	17.0618	39.0048	-25.31	38.6256	0.7624	-0.718	-1.2915	-1.2908	1.0276	2.3003	-0.3081	-2.7523	-1.79	0.6317	-0.19	-0.164	1.084	0.2023	1.0107	-38.7185	29.2852	54.9176
20	11.5933	10.0962	-9.376	10.1914	-9.9716	6.2351	-0.1222	-0.0751	-1.1831	-0.5158	-0.6578	-0.6082	0.5856	0.4407	0.78	1.4801	0.0349	0.1278	0.554	-0.0034	0.2842	-27.5856	26.4412	60.115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	80 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	168 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	178 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	190 - 206
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	207 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	216 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	224 - 287
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	288 - 324
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	80 - 90
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	91 - 125
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	126 - 165
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	166 - 197
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	198 - 243
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	244 - 269
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	270 - 304
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	305 - 311
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	312 - 318
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	319 - 324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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