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- PDB-3s04: Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s04 | ||||||
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Title | Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with an Arylomycin Lipoglycopeptide Antibiotic | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / mostly-beta fold / Membrane bound / serine protease / Secreted preproteins / Cytoplasmic membrane / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex / signal peptidase / leader peptidase / signal peptide / leader peptide / serine-lysine dyad | ||||||
Function / homology | ![]() signal peptidase I / thylakoid membrane organization / signal peptide processing / protein processing / peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Paetzel, M. / Luo, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Synthesis and characterization of the arylomycin lipoglycopeptide antibiotics and the crystallographic analysis of their complex with signal peptidase. Authors: Liu, J. / Luo, C. / Smith, P.A. / Chin, J.K. / Page, M.G. / Paetzel, M. / Romesberg, F.E. | ||||||
History |
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Remark 300 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HETERODIMER OF ONE SIGNAL PEPTIDASE I MOLECULE AND ONE ...THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HETERODIMER OF ONE SIGNAL PEPTIDASE I MOLECULE AND ONE GLYCOLIPOPEPTIDE INHIBITOR (GLYCO-ARYLOMYCIN) MOLECULE. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Full document | ![]() | 482.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1t7dS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28079.814 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Periplasmic domain, UNP residues 76-323 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | ![]() Details: BAL4850C IS A VARIANT OF THE LIPOGLYCO ARYLOMYCIN HERE BAL4850C IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE, THE LIPID (O2U) AND RHAMNOSE. Source: (natural) ![]() #3: Chemical | ![]() Details: BAL4850C IS A VARIANT OF THE LIPOGLYCO ARYLOMYCIN HERE BAL4850C IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE, THE LIPID (O2U) AND RHAMNOSE. References: Arylomycin #4: Sugar | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source Formula: C6H12O5 Details: BAL4850C IS A VARIANT OF THE LIPOGLYCO ARYLOMYCIN HERE BAL4850C IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE, THE LIPID (O2U) AND RHAMNOSE. References: Arylomycin #5: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | THE GLYCO-ARYLOMYCIN IS A CYCLIC LIPOHEXAPEPTIDE, A MEMBER OF THE ARYLOMYCIN FAMILY. ALL MEMBERS ...THE GLYCO-ARYLOMYCIN | Sequence details | RESIDUE 02V of CHAIN I AND J IS N-METHYL-DIHYDROXYP | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 19, 2005 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Osimic Confocal VariMax High Flux optics / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→32.2 Å / Num. all: 26783 / Num. obs: 26680 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / Redundancy: 9.29 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.53 Å / Redundancy: 10.89 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 2605 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1T7D Resolution: 2.44→32.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 18.315 / SU ML: 0.195 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.253 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.028 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→32.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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