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- PDB-3qti: c-Met Kinase in Complex with NVP-BVU972 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qti
タイトルc-Met Kinase in Complex with NVP-BVU972
要素Hepatocyte growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / TRANSERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling ...negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of stress fiber assembly / MET activates PTK2 signaling / positive chemotaxis / branching morphogenesis of an epithelial tube / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / molecular function activator activity / excitatory postsynaptic potential / Negative regulation of MET activity / liver development / receptor protein-tyrosine kinase / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / postsynapse / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3QT / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Appleton, B.A.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2011
タイトル: A Drug Resistance Screen Using a Selective MET Inhibitor Reveals a Spectrum of Mutations That Partially Overlap with Activating Mutations Found in Cancer Patients.
著者: Tiedt, R. / Degenkolbe, E. / Furet, P. / Appleton, B.A. / Wagner, S. / Schoepfer, J. / Buck, E. / Ruddy, D.A. / Monahan, J.E. / Jones, M.D. / Blank, J. / Haasen, D. / Drueckes, P. / Wartmann, ...著者: Tiedt, R. / Degenkolbe, E. / Furet, P. / Appleton, B.A. / Wagner, S. / Schoepfer, J. / Buck, E. / Ruddy, D.A. / Monahan, J.E. / Jones, M.D. / Blank, J. / Haasen, D. / Drueckes, P. / Wartmann, M. / McCarthy, C. / Sellers, W.R. / Hofmann, F.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
B: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6527
ポリマ－70,8082
非ポリマー8445
水7,116395
1
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7803
ポリマ－35,4041
非ポリマー3762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8724
ポリマ－35,4041
非ポリマー4683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.690, 47.100, 81.200
Angle α, β, γ (deg.)103.94, 102.58, 90.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細monomer

-
要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 35404.016 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, residues 1050-1360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-3QT / 6-{[6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)imidazo[1,2-b]pyridazin-3-yl]methyl}quinoline / NVP-BVU-972


分子量: 340.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16N6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Equal Volumes Protein and a Reservoir Solution composed of 100 mM Hepes pH 7.5, 16% PEG 4000, 8% isopropanol, and 3 mM TCEP were mixed with microseeds., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.339 Å / Num. all: 38882 / Num. obs: 38882 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20.19 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2-2.113.90.4321.80.432195.9
2.11-2.243.90.3062.50.306195.8
2.24-2.393.90.2273.40.227196.6
2.39-2.593.90.1864.20.186197
2.59-2.833.90.1415.50.141196.8
2.83-3.173.90.0948.10.094197.3
3.17-3.663.80.0612.50.06196.7
3.66-4.483.70.04714.20.047195.8
4.48-6.333.70.04215.40.042196.7
6.33-44.3393.80.036150.036196.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.7精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.9.7精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9272 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9104 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 1964 5.05 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.1841 38877 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4138 Å20.7535 Å20.1641 Å2
2--1.0789 Å2-1.3766 Å2
3---0.3349 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.217 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4539 0 60 395 4994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014726HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.996406HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1586SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes678HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4726HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5965
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies11
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact57144
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 159 5.5 %
Rwork0.197 2731 -
all0.199 2890 -
obs--96.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2993-0.42290.1653.0153-0.90193.6490.04770.40460.1808-0.4583-0.0740.0222-0.3128-0.06120.0263-0.05220.0684-0.0198-0.0730.0374-0.1217.552225.0563-27.492
20.6677-0.01280.16870.5604-0.02590.6590.04520.06270.0176-0.013-0.0161-0.0328-0.05180.0333-0.0291-0.08490.01350.0066-0.0376-0.00510.005821.808411.7597-6.7813
31.5521-0.2371-0.03741.65-0.34173.0581-0.0446-0.2547-0.14130.36610.03880.01720.3237-0.10730.0057-0.0245-0.0330.0128-0.05110.0248-0.08729.08527.782632.1748
40.66160.0193-0.11820.5287-0.06150.65560.0567-0.0783-0.02440.0308-0.0116-0.00670.06090.0384-0.0451-0.07980.0028-0.0093-0.0256-0.01150.010743.033840.138212.5619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1052 - A|1160 }A1052 - 1160
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1161 - A|1360 }A1161 - 1360
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|1058 - B|1160 }B1058 - 1160
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|1161 - B|1360 }B1161 - 1360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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