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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qo9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with TSAO-T, a non-nucleoside RT inhibitor (NNRTI) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / HYDROLASE/INHIBITOR / AIDS / HIV / RNA-BINDING / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / VIRAL NUCLEOPROTEIN / nonnucleoside / NNRTI / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Das, K. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011 タイトル: Crystal Structure of tert-Butyldimethylsilyl-spiroaminooxathioledioxide-thymine (TSAO-T) in Complex with HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) Redefines the Elastic Limits of the Non- ...タイトル: Crystal Structure of tert-Butyldimethylsilyl-spiroaminooxathioledioxide-thymine (TSAO-T) in Complex with HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) Redefines the Elastic Limits of the Non-nucleoside Inhibitor-Binding Pocket. 著者: Das, K. / Bauman, J.D. / Rim, A.S. / Dharia, C. / Clark, A.D. / Camarasa, M.J. / Balzarini, J. / Arnold, E. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: High-resolution structures of HIV-1 reverse transcriptase/TMC278 complexes: strategic flexibility explains potency against resistance mutations #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of Tmc125-R165335 (Etravirine) and Related Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors that are Highly ...タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of Tmc125-R165335 (Etravirine) and Related Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors that are Highly Potent and Effective Against Wild-Type and Drug-Resistant HIV-1 Variants. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qo9.cif.gz | 209.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qo9.ent.gz | 165.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qo9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qo9_validation.pdf.gz | 886.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qo9_full_validation.pdf.gz | 935.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qo9_validation.xml.gz | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qo9_validation.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/3qo9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/3qo9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2zd1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64045.348 Da / 分子数: 1 / 変異: F160S, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H |
#3: 化合物 | ChemComp-QO9 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.8 詳細: PEG8000, 50mM imidazole pH 6.8 and 0.1M ammonium sulfate, EVAPORATION, temperature 279K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月23日 |
放射 | モノクロメーター: VariMax-HR optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 37564 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1855 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2ZD1 解像度: 2.6→48.27 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.63 Å /
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