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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnq
タイトル
Crystal structure of the transporter ChbC, the IIC component from the N,N'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase system
要素
PTS system, cellobiose-specific IIC component
キーワード
membrane protein / transport protein / transporter / Enzyme IIC / phosphoenolpyruvate-sugar phosphotransferase system / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / hydrolase
冗長度: 10.1 % / Av σ(I) over netI: 26.64 / 数: 478665 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 0.96 / D res high: 4.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 24476 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)
最低解像度 (Å)
% possible obs (%)
ID
Rmerge(I) obs
Chi squared
Redundancy
9.67
50
99.6
1
0.071
0.999
12.9
7.69
9.67
100
1
0.089
1
10.9
6.72
7.69
100
1
0.2
1
9.6
6.11
6.72
100
1
0.372
0.963
9.3
5.67
6.11
100
1
0.559
0.926
9.4
5.33
5.67
100
1
0.586
0.904
9.5
5.07
5.33
100
1
0.494
0.898
9.6
4.85
5.07
99
1
0.32
0.961
9.7
4.66
4.85
94.9
1
0.297
0.966
9.7
4.5
4.66
87.6
1
0.379
0.953
9.8
反射
解像度: 3.295→50 Å / Num. obs: 59563 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.871 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
3.3-3.42
9.8
0.702
5569
0.697
1,2
91.4
3.42-3.55
9.7
0.443
5672
0.709
1,2
93.1
3.55-3.72
9.7
0.308
5644
0.74
1,2
92.5
3.72-3.91
9.6
0.208
5699
0.773
1,2
92.6
3.91-4.16
9.5
0.14
5797
0.83
1,2
94.5
4.16-4.48
9.4
0.093
5902
0.918
1,2
95.8
4.48-4.93
9.3
0.07
6078
0.946
1,2
97.7
4.93-5.64
9.6
0.075
6204
0.965
1,2
99.8
5.64-7.1
10.9
0.077
6337
1.011
1,2
100
7.1-50
12.9
0.042
6661
0.995
1,2
99.5
-
位相決定
位相決定
手法: 単波長異常分散
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
SHELX
位相決定
直接法
位相決定
PHENIX
1.6.4_486
精密化
PDB_EXTRACT
3.1
データ抽出
HKL-2000
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHARP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.295→19.974 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7701 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2636
2996
5.08 %
RANDOM
Rwork
0.2275
-
-
-
obs
0.2294
58996
95.02 %
-
溶媒の処理
減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.794 Å2 / ksol: 0.237 e/Å3