[日本語] English
万見
- PDB-3qbh: Structure based design, synthesis and SAR of cyclic hydroxyethyla... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbh
タイトルStructure based design, synthesis and SAR of cyclic hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Enzyme inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / response to insulin-like growth factor stimulus / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / swimming behavior / amyloid-beta metabolic process ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / response to insulin-like growth factor stimulus / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / swimming behavior / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition / cellular response to manganese ion / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / protein processing / recycling endosome / response to lead ion / cellular response to amyloid-beta / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QBH / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Rondeau, J.M.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Structure based design, synthesis and SAR of cyclic hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors.
著者: Rueeger, H. / Rondeau, J.M. / McCarthy, C. / Mobitz, H. / Tintelnot-Blomley, M. / Neumann, U. / Desrayaud, S.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Structure-Based Design of Macrocyclic Peptidomimetic beta-Secretase (BACE-1) Inhibitors
著者: Machauer, R. / Veenstra, S. / Rondeau, J.M. / Tintelnot-Blomley, M. / Betschart, C. / Neumann, U. / Paganetti, P.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Macrocyclic peptidomimetic beta-secretase (BACE-1) inhibitors with activity in vivo
著者: Machauer, R. / Laumen, K. / Veenstra, S. / Rondeau, J.M. / Tintelnot-Blomley, M. / Betschart, C. / Jaton, A.-L. / Desrayaud, S. / Staufenbiel, M. / Rabe, S. / Paganetti, P. / Neumann, U.
#3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Macrocyclic BACE-1 inhibitors acutely reduce Abeta in brain after po application
著者: Lerchner, A. / Machauer, R. / Betschart, C. / Veenstra, S. / Rueeger, H. / McCarthy, C. / Tintelnot-Blomley, M. / Jaton, A.-L. / Rabe, S. / Desrayaud, S. / Enz, A. / Staufenbiel, M. / ...著者: Lerchner, A. / Machauer, R. / Betschart, C. / Veenstra, S. / Rueeger, H. / McCarthy, C. / Tintelnot-Blomley, M. / Jaton, A.-L. / Rabe, S. / Desrayaud, S. / Enz, A. / Staufenbiel, M. / Paganetti, P. / Rondeau, J.M. / Neumann, U.
履歴
登録2011年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年3月1日Group: Other
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9666
ポリマ－134,3323
非ポリマー1,6343
水9,026501
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3222
ポリマ－44,7771
非ポリマー5451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3222
ポリマ－44,7771
非ポリマー5451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3222
ポリマ－44,7771
非ポリマー5451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.003, 103.062, 100.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 48-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Refolded / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-QBH / (4S)-4-(2-hydroxy-5-{[(3S,4S,5R)-4-hydroxy-1,1-dioxido-5-{[3-(propan-2-yl)benzyl]amino}tetrahydro-2H-thiopyran-3-yl]methyl}benzyl)-3-propyl-1,3-oxazolidin-2-one


分子量: 544.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H40N2O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.0M Ammonium phosphate, 0.1M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97629 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→80 Å / Num. all: 78093 / Num. obs: 78093 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 48.891 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.24-2.337.30.3416631928617861799
2.33-2.47.60.3017450135908590899.9
2.4-2.487.60.2538.2451705919591999.9
2.48-2.567.60.19810.33968351965196100
2.56-2.667.60.163124348356915691100
2.66-2.767.70.13613.9374124882488299.9
2.76-2.887.70.10916.8383855010501099.9
2.88-3.017.70.08719.8350944576457699.9
3.01-3.167.70.07422.93378344104410100
3.16-3.357.70.06425.43410044474447100
3.35-3.567.60.05727.6300823937393799.8
3.56-3.837.60.05628.72912338153815100
3.83-4.167.60.05330.4263733463346399.8
4.16-4.597.60.0531.4238783139313999.8
4.59-5.27.60.04732.92175628652865100
5.2-6.147.60.04833.41882724822482100
6.14-7.877.50.04435.5152972030203099.8
7.87-12.270.03937.192641320132097
12.2-805.50.04232210838638673.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
CNX位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.24→80 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8558 / Data cutoff high absF: 2328977 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 7814 10 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.2 78093 --
obs0.2 78093 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9376 Å2 / ksol: 0.3693 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.77 Å2 / Biso mean: 48.5611 Å2 / Biso min: 22.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.88 Å20 Å2-0.1 Å2
2--6.86 Å20 Å2
3----3.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8867 0 114 501 9482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it42.5
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 1283 10 %
Rwork0.244 11608 -
all-12891 -
obs-12891 99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NVP-BGN587.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAMNVP-BGN587.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る