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万見
- PDB-3pik: Outer membrane protein CusC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pik
タイトルOuter membrane protein CusC
要素Cation efflux system protein cusC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / lipoprotein / outer membrane / heavy metal efflux pump / Modified at the N-terminus with diacylglycerol and palmitate
機能・相同性
機能・相同性情報


protein palmitoylation / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / diacylglycerol binding / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion / response to copper ion / porin activity ...protein palmitoylation / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / diacylglycerol binding / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion / response to copper ion / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / cell outer membrane / response to toxic substance / transmembrane transport / copper ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...: / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Cation efflux system protein CusC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者van den Berg, B.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli CusC, the Outer Membrane Component of a Heavy Metal Efflux Pump.
著者: Kulathila, R. / Kulathila, R. / Indic, M. / van den Berg, B.
履歴
登録2010年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation efflux system protein cusC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,06410
ポリマ－49,3921
非ポリマー6729
水3,603200
1
A: Cation efflux system protein cusC
ヘテロ分子

A: Cation efflux system protein cusC
ヘテロ分子

A: Cation efflux system protein cusC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,19330
ポリマ－148,1763
非ポリマー2,01727
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area20730 Å2
ΔGint-377 kcal/mol
Surface area57910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.030, 89.030, 473.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Cation efflux system protein cusC


分子量: 49391.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cusC, ibeB, ylcB, b0572, JW0561 / 参照: UniProt: P77211
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細RESIDUE UNL C 1 REPRESENTS DIACYLGLYCEROL AND RESIDUE UNL B 1 REPRESENTS PALMITATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 35% PEG200, 0.2 M Ammonium sulphate, 50 mM sodium acetate pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月3日
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 35080 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Pseudomonas aeruginosa OprM

解像度: 2.3→19.923 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 1677 5.36 %Random
Rwork0.1972 ---
all0.1997 31287 --
obs0.1997 31287 95.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.224 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0406 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.0406 Å20 Å2
3----10.0811 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3343 0 59 200 3602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0244664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3091273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36760.24551260.19462293X-RAY DIFFRACTION90
2.3676-2.44390.27591290.19872299X-RAY DIFFRACTION90
2.4439-2.53110.23781330.19952336X-RAY DIFFRACTION92
2.5311-2.63220.26451330.18822354X-RAY DIFFRACTION92
2.6322-2.75170.24661400.19382386X-RAY DIFFRACTION94
2.7517-2.89640.24081400.18982447X-RAY DIFFRACTION95
2.8964-3.07720.24331410.18612481X-RAY DIFFRACTION96
3.0772-3.31380.28041420.19572513X-RAY DIFFRACTION98
3.3138-3.64550.23071450.2062557X-RAY DIFFRACTION99
3.6455-4.16880.23141460.18662593X-RAY DIFFRACTION99
4.1688-5.23640.22241470.18092624X-RAY DIFFRACTION99
5.2364-19.92330.24761550.23642727X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02370.04020.00590.1021-0.11320.4715-0.0160.00320.0166-0.0108-0.019-0.02380.02490.11820.04060.0556-0.0001-0.00890.08120.01580.0778-21.726927.640332.3802
20.10670.0410.17460.14360.09270.2801-0.0354-0.01580.01810.0722-0.0357-0.06680.0458-0.04660.04870.0666-0.0075-0.03120.0207-0.01280.0071-32.851633.155653.6599
30.12280.00960.23020.086-0.01820.86620.01290.03860.0614-0.0105-0.030.0233-0.04470.06770.01730.05550.00010.01010.05760.01450.0439-39.543343.3612-0.0648
40.0965-0.0502-0.03560.24710.05730.0131-0.0511-0.0778-0.020.07520.0128-0.0246-0.07520.05450.03930.16470.0142-0.03890.13920.02820.0612-31.033323.908871.7187
50.0116-0.02590.02670.073-0.04350.0853-0.0325-0.010.0220.0240.0135-0.059-0.03640.02040.0250.0239-0.01150.00180.00170.01390.0223-31.333523.411814.0203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:61)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 62:173)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 174:241)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 262:327)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 328:448)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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