[日本語] English
万見
- PDB-3p0m: Human cAMP-dependent protein kinase in complex with an inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0m
タイトルHuman cAMP-dependent protein kinase in complex with an inhibitor
要素
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
キーワードTRANSFERASE / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP/PKA signal transduction / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / channel activator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity ...cAMP/PKA signal transduction / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / channel activator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / renal water homeostasis / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / regulation of osteoblast differentiation / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of interleukin-2 production / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / Triglyceride catabolism / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / PKA activation in glucagon signalling / Regulation of MECP2 expression and activity / mesoderm formation / RET signaling / DARPP-32 events / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / sperm flagellum / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of macroautophagy / Hedgehog 'off' state / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / Ion homeostasis / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of gluconeogenesis / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / calcium channel complex / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to epinephrine stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / regulation of heart rate / CD209 (DC-SIGN) signaling / AURKA Activation by TPX2 / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI1 by the proteasome / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytokine-mediated signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / mRNA processing / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / manganese ion binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4SB / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Koester, H. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Fragment based drug design on PKA
著者: Koester, H. / Craan, T. / Brass, S. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4113
ポリマ－43,0352
非ポリマー3761
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.890, 76.530, 79.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40808.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 5-24 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-4SB / (2R)-4-amino-N'-[(1E)-(3-bromo-4-hydroxyphenyl)methylidene]-2-phenylbutanehydrazide


分子量: 376.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18BrN3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 5mM MES, 5mM BisTris-propane, 75mM LiCl, 1mM DTT, 0.1mM EDTA, equilibrated against water/ethanol, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator KMC-2
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→30 Å / Num. all: 28991 / Num. obs: 28991 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.03→2.06 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→21.468 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1 / 位相誤差: 19.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 1321 4.9 %
Rwork0.1693 --
obs0.1711 26939 93.04 %
all-27241 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.375 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6328 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.2547 Å20 Å2
3----1.3781 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→21.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 0 23 218 3087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0084036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9331069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.11120.26711340.19922517X-RAY DIFFRACTION84
2.1112-2.20720.2551390.18832729X-RAY DIFFRACTION91
2.2072-2.32350.2321240.17582773X-RAY DIFFRACTION91
2.3235-2.46890.1981370.17332790X-RAY DIFFRACTION92
2.4689-2.65920.22691580.17882842X-RAY DIFFRACTION94
2.6592-2.92620.24881590.18342930X-RAY DIFFRACTION96
2.9262-3.34820.21941600.17872977X-RAY DIFFRACTION97
3.3482-4.21320.17961630.15823017X-RAY DIFFRACTION98
4.2132-21.46880.16571470.15223043X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36050.0605-0.28320.49160.86050.99390.04890.01220.07990.02820.0442-0.056-0.04510.14520.00090.0798-0.0265-0.02440.19360.00380.206134.95814.32495.018
20.17280.204-0.0191.02850.57660.8513-0.03760.02860.01320.0444-0.02530.01390.11990.0404-0.00010.11920.00470.01170.15290.00840.135124.30681.55562.9663
30.71820.2656-0.0941.12390.38921.288-0.06250.0349-0.07620.02530.0524-0.02410.26130.09130.00050.18330.0299-0.00080.14950.00880.141127.436-3.33890.1316
40.011-0.08250.01210.2256-0.16370.1202-0.10850.06530.07310.0234-0.1460.0632-0.0303-0.0107-0.00320.1971-0.0275-0.01550.17290.01050.158913.7491-1.1645-9.5729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 14:72)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 73:251)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 252:350)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 5:23)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る