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万見
- PDB-3ovj: Structure of an amyloid forming peptide KLVFFA from amyloid beta ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ovj
タイトルStructure of an amyloid forming peptide KLVFFA from amyloid beta in complex with orange G
要素KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition ...cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / Lysosome Vesicle Biogenesis / ciliary rootlet / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / transition metal ion binding / regulation of presynapse assembly / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / intracellular copper ion homeostasis / ECM proteoglycans / trans-Golgi network membrane / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / clathrin-coated pit / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / forebrain development / Notch signaling pathway / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / axonogenesis / adult locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / dendritic shaft / learning / cognition / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / synapse organization / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell-cell junction / neuron projection development / Platelet degranulation / apical part of cell / synaptic vesicle
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ORA / Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Landau, M. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: Towards a pharmacophore for amyloid.
著者: Landau, M. / Sawaya, M.R. / Faull, K.F. / Laganowsky, A. / Jiang, L. / Sievers, S.A. / Liu, J. / Barrio, J.R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2010年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
B: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
C: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
D: KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7166
ポリマ－2,9004
非ポリマー8172
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)9.536, 26.008, 25.803
Angle α, β, γ (deg.)62.280, 88.590, 88.450
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a pair of beta sheets with orange G interrelating between the sheets. The fiber is constructed from unit cell translations along the a direction (i.e. X+1,Y,Z; X+2,Y,Z; X+3,Y,Z, etc.).

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
KLVFFA hexapeptide segment from Amyloid beta


分子量: 724.909 Da / 分子数: 4 / 断片: KLVFFA (UNP residues 687-692) / 由来タイプ: 合成
詳細: KLVFFA (residues 16-21) from Amyloid beta, synthesized
参照: UniProt: P05067
#2: 化合物 ChemComp-ORA / 7-hydroxy-8-[(E)-phenyldiazenyl]naphthalene-1,3-disulfonic acid / Orange G / 7-ヒドロキシ-8-フェニルアゾ-1,3-ナフタレンジスルホン酸


分子量: 408.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N2O7S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.9537.01
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法reservoir contained 30% w/v Polyethylene glycol 1,500, 20% v/v Glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法reservoir contained 10% w/v Polyethylene glycol 1,500, 30% v/v Glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E10.9792
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.9792
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年11月16日
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年11月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. all: 1870 / Num. obs: 1870 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.941.70.4143041.031,271.7
1.94-2.132.10.3653671.0341,292.7
2.13-2.444.10.3874021.0481,296.2
2.44-3.0850.3074031.0691,299.8
3.08-905.40.1633941.0531,298

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å23.04 Å
Translation1.9 Å23.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→23.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2335 / WRfactor Rwork: 0.2255 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 4.528 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.2654 / SU Rfree: 0.1689 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 172 9.2 %RANDOM
Rwork0.2054 ---
all0.2067 1864 --
obs0.2067 1864 91.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 39.53 Å2 / Biso mean: 16.4603 Å2 / Biso min: 4.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0.07 Å20.03 Å2
2---0.1 Å2-0.11 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数208 0 54 11 273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.692.229368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.693392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.107520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8621536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2141.5120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.261.544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.112188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1913150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0974.5180
LS精密化 シェル解像度: 1.803→2.015 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 26 -
Rwork0.289 434 -
all-460 -
obs--79.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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