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- PDB-1g26: THE SOLUTION STRUCTURE OF A WELL-FOLDED PEPTIDE BASED ON THE 31-R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g26
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF A WELL-FOLDED PEPTIDE BASED ON THE 31-RESIDUE AMINO-TERMINAL SUBDOMAIN OF HUMAN GRANULIN A
要素GRANULIN A
キーワードCYTOKINE / granulin/epithelin protein repeats / beta-hairpin stack
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of protein folding / microglial cell activation involved in immune response / trophectodermal cell proliferation / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of microglial cell activation / positive regulation of lysosome organization / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse ...positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of protein folding / microglial cell activation involved in immune response / trophectodermal cell proliferation / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of microglial cell activation / positive regulation of lysosome organization / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / maintenance of synapse structure / lysosomal protein catabolic process / lysosomal lumen acidification / positive regulation of axon regeneration / blastocyst hatching / negative regulation of neutrophil activation / astrocyte activation involved in immune response / lysosomal transport / lysosome organization / locomotory exploration behavior / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / cytokine activity / growth factor activity / trans-Golgi network / positive regulation of angiogenesis / azurophil granule lumen / late endosome / positive regulation of neuron apoptotic process / protein-folding chaperone binding / retina development in camera-type eye / regulation of inflammatory response / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / endosome / protein stabilization / positive regulation of cell migration / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Granulins signature. / Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Tolkatchev, D. / Ng, A. / Vranken, W. / Ni, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Design and solution structure of a well-folded stack of two beta-hairpins based on the amino-terminal fragment of human granulin A.
著者: Tolkatchev, D. / Ng, A. / Vranken, W. / Ni, F.
履歴
登録2000年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRANULIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3941
ポリマ－3,3941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GRANULIN A / HGA


分子量: 3393.955 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-31) / 変異: D1V, K3H, S9I, Q20P / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized using standard Fmoc chemistry and oxidized by air in solution, Cys17 and Cys27 were blocked with S-acetamidomethyl groups (Acm)
参照: UniProt: P28799
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2212D NOESY
1322D NOESY
2422D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM HGA 1-31 (D1V, K3H, S9I, Q20P); 20 mM sodium acetate-d3, 10% D2O, 90% H2O10% D2O, 90% H2O
20.5 mM HGA 1-31 (D1V, K3H, S9I, Q20P); 20 mM sodium acetate-d3, 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15ambient 288 K
25ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger精密化
X-PLOR3.1Brunger構造決定
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 241 restraints, 174 are unambiguous NOE-derived distance constraints, 47 ambiguous NOE-derived distance constraints, 8 dihedral angle restraints, 10 ...詳細: The structures are based on a total of 241 restraints, 174 are unambiguous NOE-derived distance constraints, 47 ambiguous NOE-derived distance constraints, 8 dihedral angle restraints, 10 distance restraints from hydrogen bonds, 2 distance restraints from disulfide bonds.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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