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- PDB-1fwo: THE SOLUTION STRUCTURE OF A 35-RESIDUE FRAGMENT FROM THE GRANULIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fwo
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF A 35-RESIDUE FRAGMENT FROM THE GRANULIN/EPITHELIN-LIKE SUBDOMAIN OF RICE ORYZAIN BETA (ROB 382-416 (C398S,C399S,C407S,C413S))
要素ORYZAIN BETA CHAIN
キーワードHYDROLASE / beta-hairpin stack fold / granulin/epithelin-like protein repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis involved in protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. ...Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Oryzain beta chain
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Tolkatchev, D. / Xu, P. / Ni, F.
引用ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 2001
タイトル: A peptide derived from the C-terminal part of a plant cysteine protease folds into a stack of two beta-hairpins, a scaffold present in the emerging family of granulin-like growth factors.
著者: Tolkatchev, D. / Xu, P. / Ni, F.
履歴
登録2000年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORYZAIN BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7111
ポリマ－3,7111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ORYZAIN BETA CHAIN


分子量: 3711.060 Da / 分子数: 1
断片: C-TERMINAL GRANULIN/EPITHELIN-LIKE EXTENSION (RESIDUES 382-416)
変異: C398S,C399S,C407S,C413S / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide naturally occurs in Oryza sativa (rice).
参照: UniProt: P25777, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1232D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM ROB 382-416 (C398S,C399S,C407S,C413S), 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM ROB 382-416 (C398S,C399S,C407S,C413S), 20 mM sodium acetate-d3, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM ROB 382-416 (C398S,C399S,C407S,C413S), 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
102ambient 288 K
20.025ambient 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger精密化
UXNMR2.1Bruker解析
Pronto19990105Kjaer, M., Andersen, K.V., Poulsen, F. M.データ解析
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 288 restraints, 195 are unambiguous NOE-derived distance constraints, 91 ambiguous NOE-derived distance constraints, 2 distance restraints from disulfide bonds.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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