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- PDB-4hp7: Trioxacarcin D517 as a product of guanine robbery from d(AACCGGTT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hp7
タイトルTrioxacarcin D517 as a product of guanine robbery from d(AACCGGTT)
要素
  • (0) x Trioxacarcin A analogue, bound form
  • (1) x GUANINE
  • (2) x DIMETHYL SULFOXIDE
  • (3) x water
キーワードANTIBIOTIC / Aminoglycosides / Anti-Bacterial Agents / Antitumor Agents / DNA
機能・相同性Trioxacarcin A analogue, bound form / GUANINE
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Smaltz, D.J. / Magauer, T. / Proepper, K. / Dittrich, B. / Myers, A.G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Trioxacarcin D517
著者: Smaltz, D.J. / Magauer, T. / Proepper, K. / Dittrich, B. / Myers, A.G.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,48211
ポリマ－00
非ポリマー3,48211
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.086, 9.826, 35.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 化合物
ChemComp-18Y / Trioxacarcin A analogue, bound form / (1S,2R,3aS,4S,13aS)-2-(dimethoxymethyl)-1,12-dihydroxy-7-methoxy-1,5-dimethyl-11-oxo-1,2,3a,4,8,9,10,11-octahydro-13aH-2,4-epoxyfuro[3,2-b]naphtho[2,3-h]chromen-13a-yl 4-C-acetyl-2,6-dideoxy-alpha-L-xylo-hexopyranoside


分子量: 660.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40O14
詳細: synthetic source form the laboratory of Andrew G. Myers
#2: 化合物
ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The solution in the reservoir contained tri-ammonium citrate (pH 7.0) and 30% v/v DMSO. The DNA-drug solution 2.5 mM DNA (single-strand concentration), 2.8mM trioxacarcin A D5, VAPOR ...詳細: The solution in the reservoir contained tri-ammonium citrate (pH 7.0) and 30% v/v DMSO. The DNA-drug solution 2.5 mM DNA (single-strand concentration), 2.8mM trioxacarcin A D5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→40 Å / Num. all: 7037 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.14 % / Rmerge(I) obs: 0.0995 / Net I/σ(I): 6.28
反射 シェル解像度: 1.09→1.11 Å / 冗長度: 1.21 % / Rmerge(I) obs: 0.4339 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 52.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL2012精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 1.09→40 Å / Num. parameters: 2187 / Num. restraintsaints: 2331 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 1288 10 %RANDOM
obs0.1532 7037 96.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum non hydrogen: 247
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 242 7 249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0285
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.729
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.159
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.4909
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.12
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.0263
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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