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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ogn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an Odorant-binding Protein from the Southern House Mosquito Complexed with an Oviposition Pheromone | ||||||
![]() | Odorant-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / helix bundle / Odorant-binding Protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mao, Y. / Clardy, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal and solution structures of an odorant-binding protein from the southern house mosquito complexed with an oviposition pheromone. 著者: Mao, Y. / Xu, X. / Xu, W. / Ishida, Y. / Leal, W.S. / Ames, J.B. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14396.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 20% (wt/vol) PEG 4,000, 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日 | ||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 68116 / Num. obs: 68116 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | ||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.795 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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