+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nod | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MURINE INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE DIMER (DELTA 65) WITH TETRAHYDROBIOPTERIN AND PRODUCT ANALOGUE L-THIOCITRULLINE | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE L-ARGININE MONOOXYGENASE / DIMER / THIOCITRULLINE NOS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / nitric-oxide synthase binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cellular response to cytokine stimulus / cellular response to organic cyclic compound / regulation of insulin secretion / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / beta-catenin binding / regulation of blood pressure / positive regulation of interleukin-6 production / circadian rhythm / cellular response to xenobiotic stimulus / peroxisome / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / regulation of cell population proliferation / actin binding / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of nitric oxide synthase oxygenase dimer with pterin and substrate. 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #1: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complexes 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Characterization of the Inducible Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain Identifies a 49 Amino Acid Segment Required for Subunit Dimerization and Tetrahydrobiopterin Interaction 著者: Ghosh, D.K. / Wu, C. / Pitters, E. / Moloney, M. / Werner, E.R. / Mayer, B. / Stuehr, D.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nod.cif.gz | 193.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3nod.ent.gz | 151.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3nod_validation.pdf.gz | 581.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3nod_full_validation.pdf.gz | 610.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3nod_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3nod_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3nod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3nod | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.864913, -0.501901, -0.004529), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48998.691 Da / 分子数: 2 / 断片: OXYGENASE DOMAIN 65-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MURINE INDUCIBLE / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: MACROPHAGE / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH) |
---|
-非ポリマー , 5種, 322分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
Has protein modification | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 K / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 37946 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 56.9 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 53.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53.9 % / Rmerge(I) obs: 0.297 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NOC 解像度: 2.7→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: PRONOUNCED ANISOTROPIC DIFFRACTION COMPLICATED INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT. INDIVIDUAL B-FACTORS WERE REFINED TO MINIMIZE R-FREE AND REPRODUCE AN AVERAGE VALUE COMMENSURATE WITH WILSON SCALING.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: 71% OF MOLECULE, SIDE CHAIN AND MAIN CHAIN Rms dev Biso : 2 Å2 / Rms dev position: 100 Å / Weight Biso : 0 / Weight position: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.371 |