PDB-3nc7: CYP134A1 2-phenylimidazole bound structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nc7

タイトル

CYP134A1 2-phenylimidazole bound structure

要素

Cytochrome P450 cypX

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Oxidase / Haem Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

pulcherriminic acid synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced iron-sulfur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / pigment biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Cryle, M.J. / Schlichting, I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of the cytochrome P450 CypX (CYP134A1) from Bacillus subtilis: a cyclo-L-leucyl-L-leucyl dipeptide oxidase.
著者: Cryle, M.J. / Bell, S.G. / Schlichting, I.

履歴

登録	2010年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nc7.cif.gz	318.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nc7.ent.gz	259.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nc7_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nc7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3nc7_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	3nc7_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nc3C 3nc5C 3nc6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nc3-2 2yoo-4 6u31-d 1z8q-d 2xbk-d 5ofq-1 4uor-1 1z8o-d 5ibg-d 4do1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 cypX

B: Cytochrome P450 cypX

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 cypX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 cypX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.360, 106.790, 142.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	4 - 404
2	1	1	4	B	4 - 404
1	1	2	4	C - A	1 - 406
2	1	2	4	D - B	1 - 406

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Cytochrome P450 cypX 分子量: 49386.129 Da / 分子数: 2 / 変異: A356T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU35060, cyp134, cypB, cypX / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O34926, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PIY / 2-phenyl-1H-imidazole / 2-フェニル-1H-イミダゾ-ル分子量: 144.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M MgCl2, 12% (w/v) polyethylene glycol-3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→47.67 Å / Num. all: 15331 / Num. obs: 15206 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 55.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 3.3→3.385 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 1290 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.3→43.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.85 / SU B: 58.921 / SU ML: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.626 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28613	751	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21094	-	-	-
obs	0.21473	15206	100 %	-
all	-	15331	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.113 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→43.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6021	0	110	2	6133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6270
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.253	2.012	8523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.925	5	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.353	24.061	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.802	15	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.369	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.232	1.5	3815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.468	2	6167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.78	3	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.409	4.5	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	2982	MEDIUM POSITIONAL	0.66	0.5
1	2982	MEDIUM THERMAL	0.3	2
2	43	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
2	43	MEDIUM THERMAL	0.6	2

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	56	-
R_work	0.241	1047	-
obs	-	1047	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6722	-1.1856	2.1487	9.1505	-0.5148	4.0745	-0.3619	0.0899	0.1721	0.122	0.1648	1.0312	0.4201	-1.3515	0.197	0.2628	-0.1132	0.0983	0.8515	-0.158	0.2651	13.3781	-10.2119	-7.4582
2	5.1786	4.7089	-2.3718	6.8671	0.0159	2.9388	0.0809	0.2247	-0.3384	0.1923	-0.3114	-0.0333	0.0684	-0.5342	0.2305	0.7568	0.0087	0.111	0.6923	0.1536	0.8228	31.7932	-27.2083	-12.789
3	3.7849	0.1817	1.2086	3.1041	2.1631	3.0636	0.1762	0.4514	-0.1396	-0.3744	-0.0397	-0.0729	0.0887	0.0342	-0.1364	0.1658	0.0604	0.0097	0.3532	0.0403	0.0209	38.3086	-16.1711	-25.7741
4	3.3257	-0.1463	-0.5424	4.1549	2.2306	3.5094	-0.0306	0.0189	-0.5245	0.1828	-0.1309	0.2146	0.5538	-0.2473	0.1615	0.2261	-0.0115	0.0261	0.2402	0.0184	0.0965	32.3134	-15.0218	-9.9718
5	6.44	0.2995	-1.322	4.9924	0.4633	4.6707	0.1486	-0.1237	-0.0514	0.5516	-0.1692	0.1838	0.2634	-0.2521	0.0206	0.1291	-0.0083	0.0279	0.1637	-0.0148	0.0107	31.9124	-8.0631	-6.1811
6	4.8072	-0.1381	-0.6473	1.48	0.45	3.9352	0.0361	-0.191	-0.1913	0.1503	-0.0488	-0.1777	0.0676	0.5354	0.0126	0.2843	-0.0114	0.0357	0.4948	-0.0345	0.0569	46.0787	8.1548	19.1412
7	6.498	-2.9959	1.6352	4.1494	-1.1502	4.4434	0.0011	-0.2802	0.3102	0.1651	0.1496	0.0101	-0.0418	-0.3623	-0.1508	0.1786	0.0173	0.027	0.2333	-0.027	0.0406	21.8322	11.8644	31.3775
8	2.2801	0.5259	-0.6558	1.5408	-0.3323	3.8327	0.1565	-0.1517	-0.2157	-0.0922	0.0543	0.0257	0.0888	0.0015	-0.2108	0.071	-0.0115	-0.0253	0.2208	-0.002	0.0469	30.8932	6.5613	26.2923
9	6.2614	-0.3094	-0.3443	3.5612	0.1325	3.0769	0.1242	0.0391	0.1959	-0.4894	0.0103	-0.0845	-0.2383	0.3234	-0.1346	0.1515	-0.0073	0.0385	0.1948	0.0111	0.0185	34.7701	14.0831	14.2204
10	8.2478	-6.9519	-2.0513	6.2696	3.4612	8.0298	-0.4428	-0.7823	-0.1607	0.3536	0.8529	0.0535	-0.0722	0.6877	-0.4101	0.2373	-0.0617	0.1308	0.336	0.0625	0.1822	31.5395	21.6667	25.851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	108 - 200
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	201 - 296
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	297 - 403
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	102 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	168 - 290
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	291 - 391
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	392 - 404

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)