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万見
- PDB-2xbk: X-ray structure of the substrate-bound cytochrome P450 PimD - a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xbk
タイトルX-ray structure of the substrate-bound cytochrome P450 PimD - a polyene macrolide antibiotic pimaricin epoxidase
要素PIMD PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / EPOXIDATION
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 4,5-DE-EPOXYPIMARICIN / PimD protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES NATALENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kells, P.M. / Ouellet, H. / Santos-Aberturas, J. / Aparicio, J.F. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of Cytochrome P450 Pimd Suggests Epoxidation of the Polyene Macrolide Pimaricin Occurs Via a Hydroperoxoferric Intermediate.
著者: Kells, P.M. / Ouellet, H. / Santos-Aberturas, J. / Aparicio, J.F. / Podust, L.M.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PIMD PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7953
ポリマ－44,5291
非ポリマー1,2662
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.920, 99.690, 58.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PIMD PROTEIN


分子量: 44528.770 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5-397 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES UPSTREAM OF SER 5 INCLUDING 6XHIS TAG ARE ENGINEERED
由来: (組換発現) STREPTOMYCES NATALENSIS (バクテリア)
プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q9EW92
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-XBK / 4,5-DE-EPOXYPIMARICIN


分子量: 649.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H47NO12
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細4,5-DEEPOXYPIMARICIN: NON-EPOXIDATED PRECURSOR OF THE POLYENE ANTIBIOTIC PIMARICIN OR NATAMYCIN. ...4,5-DEEPOXYPIMARICIN: NON-EPOXIDATED PRECURSOR OF THE POLYENE ANTIBIOTIC PIMARICIN OR NATAMYCIN. FORMED FROM XBK, THE POLYENE MACROCYCLE, AND XBL, MYCOSAMINE SUGAR PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): THIOLATE BOND TO CYS 346
配列の詳細6XHIS TAG ENGINEERED AT THE N-TERMINUS UPSTREAM OF SER 5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: NONE
結晶化温度: 296 K / pH: 7 / 詳細: 0.2 M SODIUM MALONATE, PH 7.0; 20% PEG 3330, T=23 C

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→17.01 Å / Num. obs: 38650 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X9P

2x9p


解像度: 1.95→67.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.439 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES WITH THE SIDE CHAIN MISSING FROM THE ELECTRON DENSITY WERE MODELED AS ALANINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21396 1912 4.9 %RANDOM
Rwork0.14977 ---
obs0.15286 36749 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.816 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→67.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3006 0 89 272 3367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9852.0424557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2675419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.61622.649151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95915530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8081539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8961.52045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97523305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.05231280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3594.51252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.77733325
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 151 -
Rwork0.264 2700 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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