+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m6b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Ertapenem Pre-isomerized Covalent Adduct with TB B-lactamase | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | Hydrolase/Antibiotic / alpha-beta structure / Antibiotic resistance / Cell membrane / Hydrolase / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Hydrolase-Antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tremblay, L.W. / Fan, F. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural characterization of Mycobacterium tuberculosis beta-lactamase with the carbapenems ertapenem and doripenem. 著者: Tremblay, L.W. / Fan, F. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 97.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28272.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: blaA, blaC, Rv2068c, MT2128, MTCY49.07c / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.1 M HEPES, 2 M NH4(H2)PO4, pH 4.1, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月21日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 63485 / Num. obs: 63485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4388 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3DWZ 解像度: 1.3→26.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.384 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.73 Å2 / Biso mean: 13.287 Å2 / Biso min: 4.58 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.28 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
|