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Yorodumi- PDB-3lx3: Plasmodium vivax 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase (PTPS) in co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lx3 | ||||||
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Title | Plasmodium vivax 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase (PTPS) in complex with xanthopterin | ||||||
Components | 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / PTS / PTP SYNTHASE / PTPS / METAL-BINDING / TETRAHYDROBIOPTERIN BIOSYNTHESIS / FOLATE BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP | ||||||
Function / homology | Function and homology information 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium vivax (malaria parasite P. vivax) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Structural analysis of the dual-functional 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase from Malaria parasites. Authors: Larson, E.T. / Bosch, J. / Kim, J.E. / Mueller, N. / Verlinde, C.L.M.J. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Hol, W.G.J. / Merritt, E.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lx3.cif.gz | 93.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lx3.ent.gz | 71 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lx3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3lx3_validation.pdf.gz | 444.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3lx3_full_validation.pdf.gz | 444.8 KB | Display | |
Data in XML | 3lx3_validation.xml.gz | 10.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3lx3_validation.cif.gz | 14.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lx3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3lzeC 3m0nC 2a0sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20992.898 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: noncleavable N-term 6xHis tag Source: (gene. exp.) Plasmodium vivax (malaria parasite P. vivax) Gene: PVX_114505 / Plasmid: BG1861 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A5K2B2, 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-XTN / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: 2 ul 5 mg/ml protein (refolded in SGPP buffer + 0.01 mM Zn2+) mixed with 1 ul 0.1 M sodium acetate (pH 5.2), 24% PEG 3350, 10 mM MgCl2, 1 mM TCEP, 2 mM xanthopterin; cryoprotected by 3 sec ...Details: 2 ul 5 mg/ml protein (refolded in SGPP buffer + 0.01 mM Zn2+) mixed with 1 ul 0.1 M sodium acetate (pH 5.2), 24% PEG 3350, 10 mM MgCl2, 1 mM TCEP, 2 mM xanthopterin; cryoprotected by 3 sec dip in 96 mM sodium acetate (pH 5.2), 24% PEG 3350, 134 mM NaCl, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2009 |
Radiation | Monochromator: crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 35343 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4 / Redundancy: 9 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 12.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3414 / Χ2: 1.128 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2a0s, A chain Resolution: 1.55→37.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 2.076 / SU ML: 0.037 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.057 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.01 Å2 / Biso mean: 25.948 Å2 / Biso min: 13.62 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→37.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.587 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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