PDB-1y13: Structural Analysis of Plasmodium falciparum 6-pyruvoyl tetrahydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y13

タイトル

Structural Analysis of Plasmodium falciparum 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase (PTPS)

要素

6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

キーワード

LYASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE

機能・相同性

機能・相同性情報

Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of Plasmodium falciparum 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase (PTPS)
著者: Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

履歴

登録	2004年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y13.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y13.ent.gz	89.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3m0n-1 3lze-1 2a0s-1 3lx3-1 5vzx-d 4fm2-d 2x0r-1 30209 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal004546AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

B: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

C: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

ヘテロ分子

64.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

B: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

C: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

ヘテロ分子

A: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

B: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

C: 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.319, 103.319, 131.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-176- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C
7	1	A
8	1	B
9	1	C
10	1	A
11	1	B
12	1	C
13	1	A
14	1	B
15	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	VAL	VAL	2	A	A	11 - 90	19 - 98
2	1	ASN	ASN	VAL	VAL	2	B	B	11 - 90	19 - 98
3	1	ASN	ASN	VAL	VAL	2	C	C	11 - 90	19 - 98
4	2	LEU	LEU	ASN	ASN	4	A	A	91 - 99	99 - 107
5	2	LEU	LEU	ASN	ASN	4	B	B	91 - 99	99 - 107
6	2	LEU	LEU	ASN	ASN	4	C	C	91 - 99	99 - 107
7	3	ILE	ILE	PRO	PRO	2	A	A	100 - 113	108 - 121
8	3	ILE	ILE	PRO	PRO	2	B	B	100 - 113	108 - 121
9	3	ILE	ILE	PRO	PRO	2	C	C	100 - 113	108 - 121
10	4	GLU	GLU	ASP	ASP	4	A	A	114 - 116	122 - 124
11	4	GLU	GLU	ASP	ASP	4	B	B	114 - 116	122 - 124
12	4	GLU	GLU	ASP	ASP	4	C	C	114 - 116	122 - 124
13	5	CYS	CYS	BIO	BIO	2	A	A - E	117 - 175	125
14	5	CYS	CYS	BIO	BIO	2	B	B - G	117 - 175	125
15	5	CYS	CYS	BIO	BIO	2	C	C - I	117 - 175	125

#1: タンパク質	6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / PTPS 分子量: 21167.896 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) Plasmid details: T7 system / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) 参照: GenBank: 23612358, UniProt: C6KTB6*PLUS, 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BIO / BIOPTERIN / ビオプテリン分子量: 237.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁N₅O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 1000, HEPES, Ammonium Chloride - Reservoir: 2.2 M Lithium Chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979029 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979029 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 36614 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 53.55 Å² / R_sym value: 0.162 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5241 / R_sym value: 0.0121 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 11.157 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23481	1847	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19536	-	-	-
all	0.19724	36614	-	-
obs	0.19724	34709	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3972	0	52	126	4150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.956	5552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.478	5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.361	24.375	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.235	15	739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.741	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.632	6	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.132	10	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.093	10	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.397	15	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	604	tight positional	0.05	0.05
2	B	604	tight positional	0.05	0.05
3	C	604	tight positional	0.04	0.05
1	A	729	medium positional	0.55	0.5
2	B	729	medium positional	0.46	0.5
3	C	729	medium positional	0.38	0.5
1	A	604	tight thermal	0.16	0.5
2	B	604	tight thermal	0.15	0.5
3	C	604	tight thermal	0.16	0.5
1	A	729	medium thermal	1.23	2
2	B	729	medium thermal	1.18	2
3	C	729	medium thermal	1.24	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.317 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	270	-
R_work	0.24	4905	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6786	2.605	-1.4092	1.9248	-1.0725	1.9237	0.0518	0.3761	0.1379	-0.0853	0.1811	0.0803	-0.0589	-0.0676	-0.2329	-0.1681	0.0527	-0.0178	-0.0711	0.0063	-0.2554	69.3174	15.0529	20.8863
2	9.4113	-1.5743	3.6803	0.8895	0.027	2.4386	-0.0213	-0.0177	-0.7114	-0.159	0.0616	-0.3654	0.2686	-0.0417	-0.0403	-0.03	0.0859	0.0239	-0.0803	-0.0889	0.14	91.1914	-0.8526	22.3356
3	6.6917	0.1576	3.0091	1.7105	0.2394	4.7862	0.2444	0.2258	-0.9214	-0.1706	-0.0395	-0.3537	0.5085	-0.2358	-0.2049	0.0454	0.103	0.1033	0.0066	-0.1973	0.1683	92.2576	-1.1593	15.3162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	11 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	123 - 173

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関連情報:EMDBヘッダ

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