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- PDB-3lbz: Crystal Structure of the BCL6 BTB domain complexed with the small... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lbz
タイトルCrystal Structure of the BCL6 BTB domain complexed with the small molecule inhibitor 79-6
要素B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / germinal center formation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of cell motility / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / erythrocyte development / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / regulation of T cell proliferation / regulation of cell differentiation / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of immune response / Rho protein signal transduction / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cytokine production / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / heterochromatin formation / regulation of cell population proliferation / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / inflammatory response / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(4-bromophenyl)sulfonyl]acetamide / Chem-Z89 / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ghetu, A.F. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2010
タイトル: A small-molecule inhibitor of BCL6 kills DLBCL cells in vitro and in vivo.
著者: Cerchietti, L.C. / Ghetu, A.F. / Zhu, X. / Da Silva, G.F. / Zhong, S. / Matthews, M. / Bunting, K.L. / Polo, J.M. / Fares, C. / Arrowsmith, C.H. / Yang, S.N. / Garcia, M. / Coop, A. / ...著者: Cerchietti, L.C. / Ghetu, A.F. / Zhu, X. / Da Silva, G.F. / Zhong, S. / Matthews, M. / Bunting, K.L. / Polo, J.M. / Fares, C. / Arrowsmith, C.H. / Yang, S.N. / Garcia, M. / Coop, A. / Mackerell, A.D. / Prive, G.G. / Melnick, A.
履歴
登録2010年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0487
ポリマ－29,1202
非ポリマー1,9285
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.712, 38.611, 78.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 10 - 110 / Label seq-ID: 8 - 108

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / Zinc finger protein 51 / LAZ-3 protein / BCL-5 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27


分子量: 14559.823 Da / 分子数: 2 / 断片: BTB domain, residues 5-129 / 変異: C8Q, C67R, C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL5, BCL6, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3) / 参照: UniProt: P41182
#2: 化合物 ChemComp-Z88 / N-[(4-bromophenyl)sulfonyl]acetamide / N-アセチル-4-ブロモベンゼンスルホンアミド


分子量: 278.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8BrNO3S
#3: 化合物 ChemComp-Z89 / (2R)-2-[(5Z)-5-(5-bromo-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)-4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-3-yl]butanedioic acid / N-[(1S)-2-AMINO-1-(2,4-DICHLOROBENZYL)ETHYL]-5-[2-(METHYLAMINO)PYRIMIDIN-4-YL]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDE


分子量: 457.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H9BrN2O6S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細LIGAND Z89 A 201 AT SITE AC2 AND LIGAND Z89 A 202 AT SITE AC3 ARE AT ROUGHLY EQUIVALENT POSITIONS ...LIGAND Z89 A 201 AT SITE AC2 AND LIGAND Z89 A 202 AT SITE AC3 ARE AT ROUGHLY EQUIVALENT POSITIONS IN THE LATERAL GROOVE OF THE BCL6 BTB DOMAIN HOMODIMER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 1 microliter of protein solution (9.5 mg/ml BCL6-BTB in 20 mM Tris pH 8.3, 450 mM NaCl, 1 mM TCEP) was mixed with 1 microliter of reservoir solution (180 mM sodium acetate, 190 mM sodium ...詳細: 1 microliter of protein solution (9.5 mg/ml BCL6-BTB in 20 mM Tris pH 8.3, 450 mM NaCl, 1 mM TCEP) was mixed with 1 microliter of reservoir solution (180 mM sodium acetate, 190 mM sodium formate, 10% Glycerol, 50 mM NaCl and 10mM N-(4-bromophenylsulfonyl)acetamide), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月24日
詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator. Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror.
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.225 Å / Num. all: 12478 / Num. obs: 12353 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 49.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 17.86
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 11.36 / Num. unique all: 1684 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R29

1r29


解像度: 2.3→46.225 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / SU B: 7.99 / SU ML: 0.192 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 605 4.8 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
all0.2154 12477 --
obs0.2154 -98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.94 Å2 / Biso mean: 42.93 Å2 / Biso min: 16.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.49 Å20 Å2-1.16 Å2
2--4.13 Å20 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 106 22 2098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0222110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9292.0182860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2955242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70323.12596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.39815376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2211520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.2919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3330.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.8610.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6911.51351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70922017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8531117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6284.5843
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
404tight positional0.090.05
408medium positional0.190.5
404tight thermal0.290.5
408medium thermal1.242
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 39 -
Rwork0.209 862 -
obs-904 98.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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