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- PDB-3kx1: Cathepsin K in complex with a selective 2-cyano-pyrimidine inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kx1
タイトルCathepsin K in complex with a selective 2-cyano-pyrimidine inhibitor
要素Cathepsin K
キーワードHYDROLASE / cathepsin K / enzyme inhibitor / covalent reversible inhibitor / Disease mutation / Disulfide bond / Glycoprotein / Lysosome / Protease / Thiol protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin K / negative regulation of cartilage development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / thyroid hormone generation / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process ...cathepsin K / negative regulation of cartilage development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / thyroid hormone generation / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / fibronectin binding / extracellular matrix disassembly / bone resorption / mitophagy / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / cysteine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / apical plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / proteolysis / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KX1 / Cathepsin K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Fradera, X. / Uitdehaag, J.C.M. / van Zeeland, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Design and optimization of a series of novel 2-cyano-pyrimidines as cathepsin K inhibitors
著者: Rankovic, Z. / Cai, J. / Kerr, J. / Fradera, X. / Robinson, J. / Mistry, A. / Hamilton, E. / McGarry, G. / Andrews, F. / Caulfield, W. / Cumming, I. / Dempster, M. / Waller, J. / Scullion, P. ...著者: Rankovic, Z. / Cai, J. / Kerr, J. / Fradera, X. / Robinson, J. / Mistry, A. / Hamilton, E. / McGarry, G. / Andrews, F. / Caulfield, W. / Cumming, I. / Dempster, M. / Waller, J. / Scullion, P. / Martin, I. / Mitchell, A. / Long, C. / Baugh, M. / Westwood, P. / Kinghorn, E. / Bruin, J. / Hamilton, W. / Uitdehaag, J. / van Zeeland, M. / Potin, D. / Saniere, L. / Fouquet, A. / Chevallier, F. / Deronzier, H. / Dorleans, C. / Nicolai, E.
履歴
登録2009年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0424
ポリマ－23,5231
非ポリマー5193
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.069, 56.069, 128.829
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin K / Cathepsin O / Cathepsin X / Cathepsin O2


分子量: 23523.480 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 115-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P43235, cathepsin K
#2: 化合物 ChemComp-KX1 / 4-cycloheptyl-6-(3-piperidin-1-ylpropyl)pyrimidine-2-carbonitrile


分子量: 326.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30N4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.9
詳細: 34% PEG 4000, 0.2M ammonium sulphate pH 2.9, 4% methanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→37.89 Å / Num. all: 23303 / Num. obs: 23303 / % possible obs: 70.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.79 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 1.13 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 9.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house cathepsin K structure

解像度: 1.51→28.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 3.312 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30616 1167 5 %RANDOM
Rwork0.2394 ---
obs0.24256 22075 70.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.269 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1637 0 34 203 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221729
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.9622337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0033.0042907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1225218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12825.1979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3615289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.928157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2865
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2470.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.51374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.191.5447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0321687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8373812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5194.5648
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 5 -
Rwork0.39 157 -
obs--6.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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