+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k3l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Siderocalin (NGAL, Lipocalin 2) complexed with apo Enterobactin | ||||||
要素 | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / NGAL / p25 / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Disulfide bond / Glycoprotein / Secreted / Siderocalin / beta-barrel / siderophore / enterobactin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bacteriophage P22, Gp10, DNA-stabilising / Phage stabilisation protein / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Used previously-determined structure / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Clifton, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Parsing the functional specificity of Siderocalin / Lipocalin 2 / NGAL for siderophores and related small-molecule ligands 著者: Clifton, M.C. / Rupert, P.B. / Hoette, T.M. / Raymond, K.N. / Abergel, R.J. / Strong, R.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k3l.cif.gz | 113.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3k3l.ent.gz | 85.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k3l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k3l_validation.pdf.gz | 889 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3k3l_full_validation.pdf.gz | 896.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k3l_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k3l_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 20556.438 Da / 分子数: 3 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNL, LCN2, NGAL / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+RIL / 参照: UniProt: P80188 |
---|
-非ポリマー , 8種, 131分子
#2: 化合物 | ChemComp-DBS / | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 化合物 | ChemComp-MCK / | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
Has protein modification | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→50 Å / Num. all: 44579 / Num. obs: 23965 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 50.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.7 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 7.51 / Num. unique all: 2347 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: Used previously-determined structure / 解像度: 2.62→41.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 11.023 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.575 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.449 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→41.25 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.623→2.691 Å / Total num. of bins used: 20
|