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- PDB-3imx: Crystal Structure of human glucokinase in complex with a syntheti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3imx
タイトルCrystal Structure of human glucokinase in complex with a synthetic activator
要素Glucokinase
キーワードTRANSFERASE / Sugar kinase / ATP-binding / Glycolysis / Kinase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / mannokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / regulation of potassium ion transport / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucose catabolic process / glucokinase activity ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / mannokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / regulation of potassium ion transport / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucose catabolic process / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / NADP metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / cellular response to leptin stimulus / D-glucose binding / canonical glycolysis / calcium ion import / Glycolysis / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to glucose / regulation of insulin secretion / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B84 / alpha-D-glucopyranose / Hexokinase-4 / Phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stams, T. / Vash, B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Investigation of functionally liver selective glucokinase activators for the treatment of type 2 diabetes.
著者: Bebernitz, G.R. / Beaulieu, V. / Dale, B.A. / Deacon, R. / Duttaroy, A. / Gao, J. / Grondine, M.S. / Gupta, R.C. / Kakmak, M. / Kavana, M. / Kirman, L.C. / Liang, J. / Maniara, W.M. / Munshi, ...著者: Bebernitz, G.R. / Beaulieu, V. / Dale, B.A. / Deacon, R. / Duttaroy, A. / Gao, J. / Grondine, M.S. / Gupta, R.C. / Kakmak, M. / Kavana, M. / Kirman, L.C. / Liang, J. / Maniara, W.M. / Munshi, S. / Nadkarni, S.S. / Schuster, H.F. / Stams, T. / St Denny, I. / Taslimi, P.M. / Vash, B. / Caplan, S.L.
履歴
登録2009年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6564
ポリマ－50,9091
非ポリマー7473
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.500, 90.300, 116.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase / Hexokinase 4 / maturity onset diabetes of the young 2 / isoform CRA_b


分子量: 50908.797 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 16-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK, hCG_1745191, tcag7.801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53Y25, UniProt: P35557*PLUS
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-B84 / (2R)-3-cyclopentyl-N-(5-methoxy[1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-2-yl)-2-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)sulfonyl]phenyl}propanamide


分子量: 543.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33N5O4S2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PROTEIN: 10MG/ML IN 20MM TRIS PH 7.5, 50MM NACL, 5MM TCEP, 20MM GLUCOSE 300UM LBX192 WELL: 4C 100MM HEPES PH 6.0 20% PEG 3350 200MM NACL CRYO: WELL PLUS 20% GLYCEROL + 100UM LBX192, VAPOR ...詳細: PROTEIN: 10MG/ML IN 20MM TRIS PH 7.5, 50MM NACL, 5MM TCEP, 20MM GLUCOSE 300UM LBX192 WELL: 4C 100MM HEPES PH 6.0 20% PEG 3350 200MM NACL CRYO: WELL PLUS 20% GLYCEROL + 100UM LBX192, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日 / 詳細: Varimax
放射モノクロメーター: Varimax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 32450 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.119 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Num. unique all: 2703 / Χ2: 1.352 / % possible all: 82.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_RTP

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.2位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNX2002精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V4S

1v4s


解像度: 2→29.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.841 / Data cutoff high absF: 1397300 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1410 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs-28292 85.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.207 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.37 Å2 / Biso mean: 28.986 Å2 / Biso min: 10.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2--8.16 Å20 Å2
3----7.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3493 0 50 276 3819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 182 5.1 %
Rwork0.23 3405 -
all-3587 -
obs--66.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paraprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramlbx192.top
X-RAY DIFFRACTION4lbx192.parwater.top
X-RAY DIFFRACTION5glucose.parglucose.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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