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- PDB-3ihg: Crystal structure of a ternary complex of aklavinone-11 hydroxyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihg
タイトルCrystal structure of a ternary complex of aklavinone-11 hydroxylase with FAD and aklavinone
要素RdmE
キーワードFLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / flavoenzyme / anthracycline / polyketide biosynthesis / merohedral twinning / enzyme mechanism / hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


aklavinone 12-hydroxylase / daunorubicin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin - #120 / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Glutaredoxin - #120 / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-VAK / Aklavinone 12-hydroxylase RdmE
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces purpurascens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Lindqvist, Y. / Koskiniemi, H. / Jansson, A. / Sandalova, T. / Schneider, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for substrate recognition and specificity in aklavinone-11-hydroxylase from rhodomycin biosynthesis.
著者: Lindqvist, Y. / Koskiniemi, H. / Jansson, A. / Sandalova, T. / Schnell, R. / Liu, Z. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RdmE
B: RdmE
C: RdmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,83127
ポリマ－172,5083
非ポリマー5,32324
水3,585199
1
A: RdmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,56512
ポリマ－57,5031
非ポリマー2,06311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RdmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0857
ポリマ－57,5031
非ポリマー1,5826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RdmE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1818
ポリマ－57,5031
非ポリマー1,6787
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.035, 183.035, 99.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

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要素

#1: タンパク質 RdmE


分子量: 57502.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces purpurascens (バクテリア)
遺伝子: rdmE / プラスミド: pJN018 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 株 (発現宿主): TK24 / 参照: UniProt: Q54530
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-VAK / methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate / Aklavinone / アクラビノン


分子量: 412.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20O8
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20mM Tris, 2.1M ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0159 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0159 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.489
11-H-K, K, -L20.511
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 65078 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 22851 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→46.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 12.404 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Refinement was done using merohedral twinning.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2552 3278 5.1 %RANDOM
Rwork0.20399 ---
all0.20663 65078 --
obs0.20663 61191 97.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.23 Å20 Å20 Å2
2---11.23 Å20 Å2
3---22.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→46.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12191 0 339 199 12729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02112798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.99717468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26751616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44522.652577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.019151919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.32815140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6851.57947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.231212647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92734851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0114.54815
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4112 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.120.05
Btight positional0.090.05
Ctight positional0.090.05
Atight thermal0.190.5
Btight thermal0.150.5
Ctight thermal0.170.5
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.556 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 181 -
Rwork0.247 3046 -
obs--66.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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