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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gtc | ||||||
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タイトル | AmpC beta-lactamase in complex with Fragment-based Inhibitor | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / Antibiotic resistance / Periplasm / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Teotico, D.T. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Docking for fragment inhibitors of AmpC beta-lactamase 著者: Teotico, D.G. / Babaoglu, K. / Rocklin, G.J. / Ferreira, R.S. / Giannetti, A.M. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gtc.cif.gz | 165.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gtc.ent.gz | 131.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gtc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3gtc_validation.pdf.gz | 462.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3gtc_full_validation.pdf.gz | 471.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3gtc_validation.xml.gz | 35.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3gtc_validation.cif.gz | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/3gtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/3gtc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GTC / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 1.7M potassium phosphate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 62779 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.18 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 4.176 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.432 / SU Rfree: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.08 Å2 / Biso mean: 25.94 Å2 / Biso min: 10.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
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