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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gqz | ||||||
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タイトル | AmpC beta-lactamase in complex with Fragment-based Inhibitor | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / Lactamase / Fragment / Antibiotic resistance / Periplasm / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teotico, D.T. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Docking for fragment inhibitors of AmpC beta-lactamase 著者: Teotico, D.G. / Babaoglu, K. / Rocklin, G.J. / Ferreira, R.S. / Giannetti, A.M. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GF7 / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / pH: 8.7 詳細: 1.7M potassium phosphate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, temperature 294.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→45.189 Å / Num. obs: 71462 / % possible obs: 99.2 % |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1KE4 解像度: 1.8→38.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.421 / SU ML: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å
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