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- PDB-3gkr: Crystal Structure of Weissella viridescens FemX:UDP-MurNAc-hexape... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gkr
タイトルCrystal Structure of Weissella viridescens FemX:UDP-MurNAc-hexapeptide complex
要素
  • FemX
  • UDP-MurNAc-peptide
キーワードTransferase/Transferase Product / FEMX / PEPTIDOGLYCAN / HEXAPEPTIDE / transferase / Transferase-Transferase Product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
FemABX peptidyl transferase / : / FemAB family / FemABX peptidyl transferase family profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N(6)-alanyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus viridescens (バクテリア)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Delfosse, V. / Piton, J. / Villet, R. / Lecerf, M. / Arthur, M. / Mayer, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Weissella viridescens FemX with the UDP-MurNAc-hexapeptide product of the alanine transfer reaction
著者: Delfosse, V. / Piton, J. / Villet, R. / Lecerf, M. / Arthur, M. / Mayer, C.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年8月1日Group: Structure summary
改定 1.32012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400 COMPOUND GROUP: 1 NAME: UDP-MURNAC-HEXAPEPTIDE PRODUCT CHAIN: A, B COMPONENT_1: UDP-MURNAC-PEPTIDE ... COMPOUND GROUP: 1 NAME: UDP-MURNAC-HEXAPEPTIDE PRODUCT CHAIN: A, B COMPONENT_1: UDP-MURNAC-PEPTIDE COMPONENT_2: ALANINE DESCRIPTION: UDP-MURNAC-HEXAPEPTIDE PRODUCT OF THE ALANINE TRANSFER REACTION. ALANINE IS TRANSFERRED BY FEMX TO THE NZ OF LYSINE RESIDUE OF UDP-MURNAC-PEPTIDE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FemX
B: UDP-MurNAc-peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7327
ポリマ－39,4782
非ポリマー2545
水9,260514
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.324, 101.836, 46.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FemX


分子量: 38326.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus viridescens (バクテリア)
遺伝子: femX / プラスミド: PTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9EY50, UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド UDP-MurNAc-peptide


分子量: 1150.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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非ポリマー , 4種, 519分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG6000, 0.3M chlorure de sodium, 0.01M chlorure de magnesium, 0.07M sulfate d'ammonium, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97985 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.2 Å / Num. all: 51014 / Num. obs: 50198 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 8475 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NE9

1ne9


解像度: 1.6→27.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.531 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21561 2533 5 %RANDOM
Rwork0.17301 ---
all0.17513 50653 --
obs0.17513 48120 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4242 Å20 Å20.0943 Å2
2--0.4196 Å20 Å2
3---0.4351 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.153 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 14 514 3292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0222833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3491.9893840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0715334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96524.42138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08315464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.351517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1880.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4661.51675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.30722705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.55331158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2174.51135
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 185 -
Rwork0.236 3510 -
obs-3700 96.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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