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- PDB-3fc6: hRXRalpha & mLXRalpha with an indole Pharmacophore, SB786875 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fc6
タイトルhRXRalpha & mLXRalpha with an indole Pharmacophore, SB786875
要素
  • Nr1h3 protein
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Liver X receptor / nuclear hormone receptors / agonists / epoxycholesterol / DNA-binding / Host-virus interaction / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Receptor / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / sterol response element binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of macrophage activation / negative regulation of pancreatic juice secretion / Nuclear Receptor transcription pathway / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress ...negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / sterol response element binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of macrophage activation / negative regulation of pancreatic juice secretion / Nuclear Receptor transcription pathway / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / sterol homeostasis / VLDLR internalisation and degradation / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / negative regulation of lipid transport / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / triglyceride homeostasis / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / apoptotic cell clearance / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / positive regulation of protein metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of proteolysis / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / peptide binding / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / response to progesterone / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / fatty acid biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...Liver X receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LX2 / RETINOIC ACID / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nr1h3 protein / Oxysterols receptor LXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.063 Å
データ登録者Washburn, D.G. / Hoang, T.H. / Campobasso, N. / Smallwood, A. / Parks, D.J. / Webb, C.L. / Frank, K. / Nord, M. / Duraiswami, C. / Evans, C. ...Washburn, D.G. / Hoang, T.H. / Campobasso, N. / Smallwood, A. / Parks, D.J. / Webb, C.L. / Frank, K. / Nord, M. / Duraiswami, C. / Evans, C. / Jaye, M. / Thompson, S.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Synthesis and SAR of potent LXR agonists containing an indole pharmacophore.
著者: Washburn, D.G. / Hoang, T.H. / Campobasso, N. / Smallwood, A. / Parks, D.J. / Webb, C.L. / Frank, K.A. / Nord, M. / Duraiswami, C. / Evans, C. / Jaye, M. / Thompson, S.K.
履歴
登録2008年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nr1h3 protein
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Nr1h3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3088
ポリマ－115,4654
非ポリマー1,8434
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area37420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.162, 90.029, 101.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1


分子量: 27114.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 Nr1h3 protein / Putative uncharacterized protein / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 3 / Nuclear receptor ...Putative uncharacterized protein / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 3 / Nuclear receptor subfamily 1 / group H / member 3 / Nuclear receptor subfamily 1 / group H / member 3 / isoform CRA_a


分子量: 30618.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91X41, UniProt: Q9Z0Y9*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-REA / RETINOIC ACID / 3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#4: 化合物 ChemComp-LX2 / [4-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)-1H-indol-1-yl]acetic acid


分子量: 621.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H32ClF3N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→44.2 Å / Num. all: 62907 / Num. obs: 58748 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 71.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.063→44.2 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 2820 5.07 %
Rwork0.1987 --
obs0.2014 55572 88.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.174 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.063→44.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7150 0 132 229 7511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.063-2.09810.3673810.26751647X-RAY DIFFRACTION55
2.0981-2.13630.33581140.2661953X-RAY DIFFRACTION66
2.1363-2.17730.32851260.24962150X-RAY DIFFRACTION72
2.1773-2.22180.29961100.23442273X-RAY DIFFRACTION76
2.2218-2.27010.30371260.21672356X-RAY DIFFRACTION80
2.2701-2.32290.28091450.20662529X-RAY DIFFRACTION85
2.3229-2.3810.26931470.20022631X-RAY DIFFRACTION89
2.381-2.44540.2391430.19942685X-RAY DIFFRACTION90
2.4454-2.51730.23351400.20952736X-RAY DIFFRACTION92
2.5173-2.59850.28671410.21682750X-RAY DIFFRACTION92
2.5985-2.69140.27111490.21692770X-RAY DIFFRACTION93
2.6914-2.79920.25751590.22232807X-RAY DIFFRACTION94
2.7992-2.92650.29331360.20762863X-RAY DIFFRACTION95
2.9265-3.08080.26931500.21642889X-RAY DIFFRACTION96
3.0808-3.27370.24011670.21242879X-RAY DIFFRACTION97
3.2737-3.52640.24581340.19792942X-RAY DIFFRACTION98
3.5264-3.88110.2041830.17412928X-RAY DIFFRACTION98
3.8811-4.44230.21181610.15112960X-RAY DIFFRACTION99
4.4423-5.5950.2071570.16642982X-RAY DIFFRACTION99
5.595-44.23130.21641510.1763022X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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