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- PDB-3ed1: Crystal Structure of Rice GID1 complexed with GA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ed1
タイトルCrystal Structure of Rice GID1 complexed with GA3
要素Gibberellin receptor GID1
キーワードHYDROLASE RECEPTOR / alpha/beta hydrolase / lipase / Gibberellin signaling pathway / Hydrolase / Nucleus / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / raffinose family oligosaccharide biosynthetic process / floral organ morphogenesis / gibberellin binding / response to gibberellin / gibberellic acid mediated signaling pathway / 加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GIBBERELLIN A3 / NITRATE ION / PHOSPHATE ION / Gibberellin receptor GID1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shimada, A. / Nakatsu, T. / Ueguchi-Tanaka, M. / Kato, H. / Matsuoka, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for gibberellin recognition by its receptor GID1.
著者: Shimada, A. / Ueguchi-Tanaka, M. / Nakatsu, T. / Nakajima, M. / Naoe, Y. / Ohmiya, H. / Kato, H. / Matsuoka, M.
履歴
登録2008年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gibberellin receptor GID1
B: Gibberellin receptor GID1
C: Gibberellin receptor GID1
D: Gibberellin receptor GID1
E: Gibberellin receptor GID1
F: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,12532
ポリマ－245,4046
非ポリマー3,72126
水19,9251106
1
A: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5516
ポリマ－40,9011
非ポリマー6515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6467
ポリマ－40,9011
非ポリマー7466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4895
ポリマ－40,9011
非ポリマー5894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4895
ポリマ－40,9011
非ポリマー5894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4604
ポリマ－40,9011
非ポリマー5603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4895
ポリマ－40,9011
非ポリマー5894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
E: Gibberellin receptor GID1
F: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9499
ポリマ－81,8012
非ポリマー1,1487
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22720 Å2
手法PISA, PQS
8
A: Gibberellin receptor GID1
B: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,19713
ポリマ－81,8012
非ポリマー1,39611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA, PQS
9
C: Gibberellin receptor GID1
D: Gibberellin receptor GID1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,97910
ポリマ－81,8012
非ポリマー1,1778
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.717, 134.142, 118.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Gibberellin receptor GID1 / Gibberellin-insensitive dwarf protein 1 / Protein GIBBERELLIN INSENSITIVE DWARF1


分子量: 40900.699 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: GID1, Os05g0407500, LOC_Os05g33730, OJ1657_H11.10, P0040B10.6
プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(de3)plys / 参照: UniProt: Q6L545, 加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 1132分子

#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物
ChemComp-GA3 / GIBBERELLIN A3 / (1S,2S,4aR,4bR,7S,9aS,10S,10aR)-2,7-dihydroxy-1-methyl-8-methylidene-13-oxo-1,2,4b,5,6,7,8,9,10,10a-decahydro-4a,1-(epo xymethano)-7,9a-methanobenzo[a]azulene-10-carboxylic acid / ジベレリン酸


分子量: 346.374 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22O6 / コメント: ホルモン*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 % / Mosaicity: 0.224 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG4000, 8% MPD, 0.2M NaNO3, 0.1M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 192246 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.244 / Net I/σ(I): 27.585
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Num. unique all: 17227 / Χ2: 1.139 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EBL

3ebl


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.195 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.822 / SU B: 3.436 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / SU Rfree: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23946 9618 5 %RANDOM
Rwork0.19716 ---
obs0.19925 181950 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.85 Å2 / Biso mean: 31.091 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å2-2.51 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14510 0 256 1106 15872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02115196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.95820724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97951853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.58822.65717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.702152239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0915127
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.27267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.210318
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0810.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8911.59509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.496214866
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10236456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0494.55858
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 638 -
Rwork0.263 11850 -
all-12488 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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