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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e2z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse kynurenine aminotransferase III in complex with kynurenine | ||||||
要素 | (Kynurenine-oxoglutarate transaminase ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / LYASE / alpha beta protein / PLP dependent protein / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / L-kynurenine catabolic process / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase / cysteine-S-conjugate beta-lyase / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / kynurenine metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / amino acid metabolic process ...cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / L-kynurenine catabolic process / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase / cysteine-S-conjugate beta-lyase / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / kynurenine metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / amino acid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Han, Q. / Robinson, R. / Cai, T. / Tagle, D.A. / Li, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell. Biol. / 年: 2018 タイトル: Correction for Han et al., "Biochemical and Structural Properties of Mouse Kynurenine Aminotransferase III". 著者: Han, Q. / Robinson, H. / Cai, T. / Tagle, D.A. / Li, J. #1: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2009 タイトル: Biochemical and structural properties of mouse kynurenine aminotransferase III. 著者: Han, Q. / Robinson, H. / Cai, T. / Tagle, D.A. / Li, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e2z.cif.gz | 176.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e2z.ent.gz | 138.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e2z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3e2z_validation.pdf.gz | 494.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3e2z_full_validation.pdf.gz | 531.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3e2z_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3e2z_validation.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Kynurenine-oxoglutarate transaminase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 46453.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ccbl2, Kat3 / プラスミド: pBlueBac4.5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q71RI9, kynurenine-oxoglutarate transaminase, cysteine-S-conjugate beta-lyase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46224.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ccbl2, Kat3 / プラスミド: pBlueBac4.5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q71RI9 |
-非ポリマー , 4種, 90分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-PMP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 21% PEG 400, 150 mM CaCl2, 10% Glycerol, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 25229 / Num. obs: 24119 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.39 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2ZJG 解像度: 2.81→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.643 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→29.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.81→2.88 Å / Total num. of bins used: 20
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