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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dtg | ||||||
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タイトル | Structural analysis of mycobacterial branched chain aminotransferase- implications for inhibitor design | ||||||
要素 | Branched-chain amino acid aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / open twisted alpha/beta / Aminotransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 branched-chain amino acid metabolic process / protein-pyridoxal-5-phosphate linkage via peptidyl-N6-pyridoxal phosphate-L-lysine / L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process ...branched-chain amino acid metabolic process / protein-pyridoxal-5-phosphate linkage via peptidyl-N6-pyridoxal phosphate-L-lysine / L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Castell, A. / Unge, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural analysis of mycobacterial branched chain aminotransferase - implications for inhibitor design 著者: Castell, A. / Unge, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dtg.cif.gz | 154.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dtg.ent.gz | 120.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dtg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dtg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3dtfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40366.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: ilvE, MSMEG_4276 / プラスミド: pEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI 参照: UniProt: A0R066, branched-chain-amino-acid transaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OBZ / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100mM MES-HCl pH 5.5, 300mM Lithium sulfate, 30% (w/v) PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 57032 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 30903 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DTF 解像度: 1.9→17 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→17 Å
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拘束条件 |
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