PDB-3c9j: The Crystal structure of Transmembrane domain of M2 protein and A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c9j

タイトル

The Crystal structure of Transmembrane domain of M2 protein and Amantadine complex

要素

Proton Channel protein M2, transmembrane segment

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Proton Channel / Ion Channel / M2TM / M2-Amantadine Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression by virus of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the function and inhibition of an influenza virus proton channel
著者: Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D. / Levine, A.S. / Costanzo, L.D. / Soto, C.S. / Tereshko, V. / Nanda, V. / Stayrook, S. / DeGrado, W.F.

履歴

登録	2008年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c9j.cif.gz	28.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c9j.ent.gz	20.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c9j_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c9j_full_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示
XML形式データ	3c9j_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	3c9j_validation.cif.gz	8.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/3c9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/3c9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bkdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6boc-d 1oz9-d 2xdc-d 3bkd-1 3obh-d 3bkd-2 4lyh-3 5how-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proton Channel protein M2, transmembrane segment

B: Proton Channel protein M2, transmembrane segment

C: Proton Channel protein M2, transmembrane segment

D: Proton Channel protein M2, transmembrane segment

ヘテロ分子

11.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.397, 57.833, 38.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 23 / Label seq-ID: 1 - 23

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質・ペプチド	Proton Channel protein M2, transmembrane segment / Matrix protein 2 分子量: 2744.321 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 22-46 / 変異: G34A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: occurs bnaturally in Influenza A virus / 参照: UniProt: O70632
#2: 化合物	ChemComp-308 / (3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-amine / Amantadine / アマンタジン分子量: 151.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N / コメント: 薬剤, アンタゴニスト*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: Sample solution: 0.8mM protein, 0.6mM Amantadine, 32mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside and 5% w/v Xylitol. Reservoir solution:50mM Tris-Hcl, 500mM MgCl2, 30mM NiCl2, 22% PEG 350 MME, pH 5.3, ...詳細: Sample solution: 0.8mM protein, 0.6mM Amantadine, 32mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside and 5% w/v Xylitol. Reservoir solution:50mM Tris-Hcl, 500mM MgCl2, 30mM NiCl2, 22% PEG 350 MME, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.42 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: Sample solution: 0.8mM protein, 0.6mM Amantadine, 32mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside and 5% w/v Xylitol. Reservoir solution:50mM Tris-Hcl, 500mM MgCl2, 30mM NiCl2, 22% PEG 350 MME, pH 5.3, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月8日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→15 Å / Num. all: 1999 / Num. obs: 1848 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 63.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 3.5→3.61 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 163 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Polyala, single alpha helix of length 23 residues

解像度: 3.5→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.865 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.851 / SU B: 95.716 / SU ML: 0.687 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.844 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31668	154	9.1 %	RANDOM
R_work	0.29054	-	-	-
obs	0.29322	1530	91.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.151 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	772	0	11	0	783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	797
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.165	2.015	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.541	5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.455	22	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.118	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.353	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.334	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.362	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.355	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.243	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.396	1.5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.432	2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.651	3	325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.165	4.5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / 数: 174 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	tight positional	0.4	0.05
2	tight positional	0.35	0.05
3	tight positional	0.45	0.05
1	tight thermal	0.15	0.5
2	tight thermal	0.14	0.5
3	tight thermal	0.17	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.586 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	9	-
R_work	0.303	74	-
obs	-	-	64.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.2696 Å / Origin y: 14.8826 Å / Origin z: -0.5157 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2588 Å²	0.0273 Å²	0.0044 Å²	-	0.236 Å²	0.0055 Å²	-	-	0.1137 Å²
L	5.2007 °²	0.3516 °²	-0.8314 °²	-	6.4697 °²	-0.4312 °²	-	-	0.1547 °²
S	-0.1308 Å °	-0.4044 Å °	0.2209 Å °	0.0673 Å °	0.1975 Å °	0.1282 Å °	-0.3913 Å °	0.3921 Å °	-0.0667 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 25	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 25	1 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	1 - 25	1 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	1 - 25	1 - 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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